Los virus son criaturas que se alimentan de las almas de aquellos seres humanos capaces de verlos. Ruchia y Sumire son dos amigas que se encargan de exterminar a estos virus "a pedido" usando como cubierta una tienda de antigüedades, a donde acuden solo aquellos capaces de ver a los virus.

La protagonista de la historia, Amu Hinamori, es una estudiante en la Primaria Seiyo. A primera vista, sus compañeros se refieren a ella como "genial y picante" y rumores se especulan sobre su vida personal. Sin embargo, su verdadera personalidad es la de una chica muy tímida que tiene problemas para mostrar su verdadera personalidad. Una noche, Amu desea tener el valor de mostrar sus "supuestos" sí. A la mañana siguiente se encuentra con tres huevos de colores-rojo, azul y verde-en su cama. Al principio, ella se alarma, pero se da cuenta que realmente deseo el poder de cambiar. Estos huevos eclosionan en tres personajes guardianes: Ran, Miki y Su. Los personajes guardianes ayudaran a Amu a descubrir quien es ella verdaderamente y cumplir sus sueños.

En un futuro cercano, un gigante tifón estático llamado "El Gran Rugido" apareció súbitamente en el oeste del Océano Pací­fico. Este fenómeno transformó los climas del mundo, además de cambiar su visión considerablemente. El aumento del nivel del mar, redirecciones de las corrientes marinas, y las transformaciones climáticas causaron severos daños en todo el globo, especialmente en Asia.

Utawarerumono es una historia post-apocalíptica centrada en un protagonista enmascarado, Hakuoro, que es encontrado por una familia de dos muchachas y una abuela en un bosque cerca de su pueblo. Al recuperarse, y ser interrogado, se descubre que tiene amnesia, desconociendo todo su pasado, incluyendo su nombre - siendo Hakuoro el nombre dado por la familia que lo acogió. Hakuoro pronto es aceptado en la aldea, pero después de poco tiempo encuentra que la vida en esta aldea está siendo oprimida por el emperador. Luego de armar de valor a toda la aldea, Hakuoro se enfrentará al poder del gobierno.

La historia trata de la vida de Arima Teppei, un chico que perdió a sus padres en un accidente automovilístico. Su abuelo Isshin lo adoptó por la fuerza, y le ordenó ser la cabeza del negocio familiar del Grupo Arima. Para prepararlo en su debut dentro de la alta sociedd, Teppei entrará en una academia de élite para descendientes de ricos y poderosos.

Murase Takaya es un joven pervertido que compra una robot programada para la limpieza, a la cual cariñosamente llama Yui, lamentablemente él la quiere para un motivo muy diferente que solo ayudar en casa, la quiere para complacer sus deseos varoniles.

Yuuichi Aizawa se va a vivir a la casa de su prima Nayuki, en un diferente pueblo, aunque el solía pasar las vacaciones en este pueblo, el no había vuelto desde hace 7 años y además por alguna razón el casi no guarda ningún recuerdo de lo que paso cuando solía venir a visitar el pueblo, pero a medida que va conociendo a diferentes chicas, que al parecer el nunca había visto, va recordando poco a poco importantes fragmentos de su pasado que lo llevaran a descubrir lo que le paso en este pueblo hace siete años y la razón por la que no recuerda nada acerca de esto.