Neri y Jo, su hermano pequeño, se ganan la vida defraudando a la gente. Una noche, consiguen defraudar cientos de millones de yenes. Desde ese momento, serán perseguidos por un grupo nefasto.

Cuando una misteriosa figura comienza a apuntar a los Alquimistas del Estado por sus pecados contra Dios, el Alquimista Edward Elric y su hermano Alphonse se encuentran en su punto más vulnerable de sus vidas. Mientras, los homúnculos comienzan a revelarse una vez más.

El largo y tortuoso viaje de los hermanos Elric llega a su épico final, en el que deben enfrentar una amenaza de otro mundo que afecta a todo el país.

La historia continúa con los propios conflictos de los estudiantes, la identidad de Koro Sensei y el destino del mundo. Se aproxima el límite de tiempo para el asesinato.

La premisa es sencilla, un alienígena con forma de smiley llega a la Tierra y promete destruirla dentro de un año. Mientras tanto dará clase a un grupo marginal en una escuela y les adiestrará en tecnicas de asesinato para que puedan acabar con él antes de que se cumpla el plazo.

El alquimista Edward Elric busca la manera de devolverle el cuerpo a su hermano Al. Pero tanto los militares como unos misteriosos monstruos le vigilan atentamente.

El señor Namiya responde a la gente que le escribe pidiendo consejo en su pequeña tienda. Muchos años después, los consejos y sus consecuencias siguen cambiando vidas y una noche, tres chicos y las cartas entran en un mundo atemporal.