La historia comienza con la llegada, en el año 1999, de una nave alienígena, que luego de un violento ingreso atmosférico, cae sobre la isla de Ataria Sur, en el Océano Pacífico. Después de una investigación inicial y debido a lo descubierto en la nave, una coalición internacional de países, conocida como United Nations Goverment (UN), inicia un proyecto armamentístico en el que se incluye la restauración e investigación de la tecnología hallada en la nave bautizada previamente como ASS-1 (Alien Star Ship-1) y que posteriormente después de su restauración sería rebautizada como SDF-1 Macross. En 2009, durante la ceremonia de finalización del proyecto se produce la llegada de los Zentradi, raza alienígena de gigantes similares en su aspecto a los humanos pero con una sociedad basada totalmente en la guerra. La nave restaurada bautizada con el nombre de SDF-1 Macross se enciende sola y dispara contra las naves que se aproximan...

En el año 2120, tras quedar destrozada la Tierra a causa de las guerras, los humanos colonizaron otros planetas. En uno de esos planetas colonia, Glorie, se ha establecido el ejército de la Cruz del Sur para mantener la paz con su Mecha Transformador. Su vigilancia se pone en práctica cuando los antiguos habitantes del planeta, los Zor, vienen a reclamar su antiguo mundo por la fuerza. Le corresponde al 15º Cuerpo Blindado de Alpha Tactics, dirigido por la descarada recién llegada Jeanne Francaix, liderar la carga contra los invasores.

La Tierra es el objetivo de invasión de los Cthuwulf. Una chica joven, Nagisa Kano, se convierte en la clave de la defensa de la Tierra cuando se ve obligada a ser la compañera de Iczer-1, una androide que está combatiendo la invasión alienígena. Iczer-1 no sabe por qué lucha contra los Cthuwulf, y Nagisa no comprende qué importancia tiene ella. Ambas acabarán encontrando sus respectivas respuesta, pero ¿a qué precio?