Un inesperado encuentro en la capital de Estados Unidos ligará a un misterioso joven sin memoria y a una cándida estudiante que está a punto de graduarse con un insospechado bombardeo en Tokyo. Una intrigante asociación llamada Selecao, centenares de desapariciones, un teléfono móvil cargado con la abrumante cifra de 10 billones de yenes y todo un pasado que recomponer se perfilan en esta serie repleta de enigmas. ¿Qué relación guardará el aparentemente inocente Akira Takizawa con una trama de repercusión mundial, manchada en terrorismo? Tendrán once días para desmantelar tan oscuro complot.

El año es 1931. La ciudad es Shanghai. Diez años antes de que Estados Unidos entre en la Segunda Guerra Mundial, los dientes de la hidra plantados por el primer gran conflicto mundial están empezando a germinar. Hatching como arañas, tejen la compleja red de tramas y conspiraciones destinadas inevitablemente a atraer naciones enteras al borde de la destrucción. Atrapados en el corazón de estas telarañas, buscando desesperadamente separar mentiras de la verdad, es "Sakurai Kikan", una agencia de inteligencia ultra secreta provista de personal extraordinariamente talentoso con habilidades muy superiores a las de los humanos normales. Su deber: detener las tramas más oscuras y eliminar las mayores amenazas. Pero en una ciudad construida sobre la intriga, ¿puede incluso un equipo de clarividentes, telépatas y espers apoyarse contra las últimas fuerzas del destino?

En Giant Killing, un grupo variopinto del Este de Tokio, están luchando en la liga de fútbol más importantes de Japón. El equipo está pasando por un momento en los que están en la parte inferior de la tabla y han perdido 5 partidos seguidos. Las derrotas no han hecho mucho a la moral del equipo porque, esta, ya era baja. Sus fans lucen desanimados y ven que el final del equipo está cerca. East Tokyo United, ETU, sólo puede culpar a su entrenador en este momento y él está dispuesto a demostrar a su equipo y los aficionados que, en el próximo partido contra el club más grande en la nación, puede hacer que este equipo puedé ganar. Serie futbolística de corte realista, alejada de la fantasía de producciones como Oliver y Benji.

Cuando unas fuerzas malignas amenazan con resucitar a Anthrasax, la diosa destructora, el reino de Meta-llicarna recurre a la ayuda de un legendario hechicero de antaño.

Yoshimori Sumimura, un estudiante, es un kekkaishi por las noches (cazador de demonios); su especialidad es crear una barrera mágica alrededor de su presa. Durante el día, tiene otros demonios que combatir, como su adicción a las golosinas y a su malhumorado abuelo. Tokine Yukimura, de 16 años, vecina y amiga de la infancia de Yoshimori, también es una kekkaishi; sin embargo sus familias están enfrentadas en una disputa para determinar quién es el mejor en ese terreno...

En un mundo en el que los humanos conviven con los androides, los llamados Neans, un grupo conocido como los Nueve Inmortales se alza contra la sociedad. Encargadas de acabar con los revolucionarios, una androide llamada Rouge Redstar (alias "Metal Rouge") y la detective Naomi Orhtmann, viajan hasta Marte para encontrarlos y acabar con ellos, pero antes de nada... Rouge quiere algo de chocolate.

La maga Frieren formaba parte del grupo del héroe Himmel, quienes derrotaron al Rey Demonio tras un viaje de 10 años y devolvieron la paz al reino. Frieren es una elfa de más de mil años de vida, así que al despedirse de Himmel y sus compañeros promete que regresará para verlos y parte de viaje sola. Al cabo de cincuenta años, Frieren cumple su promesa y acude a visitar a Himmel y al resto. Aunque ella no ha cambiado, Himmel y los demás han envejecido y están en el final de sus vidas. Cuando Himmel muere, Frieren se arrepiente de no haber pasado más tiempo a su lado conociéndolo, así que emprende un viaje para conocer mejor a sus antiguos compañeros, a las personas y descubrir más del mundo.

Keiji Takeda está esperando a su novia, Touka Miyashita, una chica menor de su escuela. Cuando la chica no aparece, él intenta comunicarse con ella pero no lo logra, así que cuando cae el sol, decide rendirse en la búsqueda y regresar a casa. Es entonces cuando se encuentra con un extraño hombre que vaga por la calle con lágrimas en los ojos, pero decide ignorarlo... hasta que descubre que a él se acerca una joven con capa y sombrero negros que tiene la misma cara que Touka Miyashita, su novia desaparecida.

Rilakkuma tiene un día lleno de aventura, diversión y amistad en un parque de diversiones con temática de postres que pronto cerrará sus puertas para siempre.

La trama se desarrolla en torno a la historia del linaje Joestar, una poderosa familia de origen británico destinada a combatir fuerzas sobrenaturales malvadas usando poderes adquiridos; la obra abarca varias generaciones de dicho linaje, las cuales son adaptadas en cada parte poniendo un descendiente como protagonista, empezando con Jonathan en el año 1880. El nombre «JoJo», presente en el título de la obra, consiste en un juego de palabras compuesto por el nombre de los protagonistas de cada parte, los cuales pueden abreviarse como «Jojo» y usarse a forma de apodo; sin embargo, en las últimas partes de la obra se hacen juegos de palabras más complejos: por ejemplo, Josuke es un juego de palabras en japonés en que la sílaba «suke» (助) se puede leer también como «jo», y el diminutivo de Giorno Giovana (Gio. Gio.) tiene una pronunciación bastante similar a «Jojo». Todos los Joestar se identifican porque tienen una marca de nacimiento en forma de estrella de cinco puntas.