Después de tres batallas inconclusas por conseguir el Santo Grial, un artefacto capaz de conceder un milagro a quien lo posea, una cuarta guerra da comienzo. Precuela del anime "Fate/stay night".

Nagisa Aoi es una estudiante de primer año de preparatoria que decide ir a la Colina Astraea después de que sus padres fueran transferidos al extranjero. Este lugar acoge a chicas de tres escuelas exclusivas para señoritas: Saint Mitre, Saint Spica y Saint Le Rime. Tras conocer a su compañera de habitación, Tamao Suzumi, y hacerse amiga de diversas chicas, pensaba que su vida escolar sería ordinaria. Sin embargo, conoce a la representante de las tres escuelas, Shizuma Hanazano, también conocida como Étoile, quien es querida por todas las estudiantes. Ambas tienen un peculiar primer encuentro, y Shizuma parece sentir una simpatía inusual por Nagisa. Jamás imaginó que unos simples lazos de amistad podrían transformarse en algo más profundo.

La historia se desarrolla en un mundo alternativo llamado Geminar, donde los países han librado guerras interminables con réplicas de armas humanoides Seikishi que encontraron en ruinas antiguas. ¡Kenshi Masaki, de 15 años, hermanastro de Tenchi Masaki protagonista de Tenchi Muyo!, es convocado desde otro mundo a Geminar.

Criado por un mago misterioso después de que sus padre murieran de manera trágica, Emiya Shirou apenas ha empezado a ayudar a los demás con la poca magia que ha aprendido cuando se ve envuelto en una competición a muerte entre los mejores magos del mundo llamada Guerra del Santo Grial. Junto a Saber, su Servant, Shirou participará en esta competición cuyo premio principal es la obtención de un poder inimaginable. La serie original salió al aire en 2006, esta es la nueva adaptación llevada a cabo por el estudio Ufotable, el mismo que publicó Fate/Zero.