La historia transcurre en un mundo dominado por aldeas ninja. En las cuales el papel del ninja se traduce como el poder de cada país. Cada uno de estos cuenta con su aldea oculta que es donde estudian, entrenan, graduan y forman cada ninja. Los ninjas utilizan todo tipo de artes marciales desde la lucha cuerpo a cuerpo a ilusiones o técnicas secretas como por ejemplo la manipulación de elementos. El protagonista es un joven aspirante a ninja Uzumaki Naruto, un muchacho que sueña en convertirse algun dia en el líder de su aldea (Hokage). Será para él una tarea difícil ya que cuando era solo un bebé le fué confiado en su interior el poder de un ser malvado, que antaño causo grandes males en su aldea (Konoha) y el cual irá poco a poco descubriendo y dominando. Por culpa de ese poder Naruto pasa una dura infancia con desprecio y negación por parte de los vecinos de su aldea...

Jin Mikuriya, un estudiante miembro del club de arte en el instituto, talla una estatua de la madera de un árbol sagrado y ésta cobra vida en forma de una diosa llamada Nagi. Trabajarán juntos para destruir las impurezas que plagan la ciudad...

A raíz de un brote repentino de psicoquinesia en el 0,1% de la población, una rápida transformación barrió el mundo. La capacidad de Dios, para manipular la materia a distancia volvió muchos jugadores con energía a la violencia, la incitación de un largo período de agitación. Finalmente, después de una época caótica forma por el ascenso y la caída de los regímenes opresivos, los seres humanos psíquicos fueron capaces de lograr una paz frágil mediante el aislamiento de su sociedad, creando un nuevo mundo sujeto a las normas complejas. En la ciudad de Kamisu 66, 12 años de edad, Saki Watanabe acaba de despertar a sus poderes y es relevado a reunirse con sus amigos, la traviesa Satoru Asahina, el tímido Mamoru Itou, la alegre Maria Akizuki, y Shun Aonuma, un misterioso chico Saki quien admira en Sage-Academy, una escuela especial para los psíquicos. Sin embargo, el malestar se perfila como Saki comienza a cuestionar el destino de aquellos que no pueden despertar a sus poderes, y los niños comienzan a involucrarse con asuntos secretos, como los gatos rumoreado Tainted dijo a secuestrar a los niños. Shinsekai Yori cuenta la historia única de mayoría de edad de Saki y sus amigos en su viaje para convertirse en sus roles en la supuesta utopía. La aceptación de estas funciones, sin embargo, no podría venir fácil cuando se enfrentan a las verdades oscuras e impactantes de la sociedad, y la inminente caos nacido del nuevo mundo.

La historia de la serie se desarrolla en una institución de investigación robótica situada cerca de la famosa Represa de Kurobe de la Prefectura de Toyama en verano de 2016. Durante la construcción original de la presa se descubrió un antiguo artefacto, con lo que se creó el Instituto de Investigación de Kurobe de las Naciones Unidas para su estudio. Intelectuales de todo el mundo se reunieron en el lugar para estudiar el objeto, y los hijos de esos intelectuales dan clases en un instituto especial en el Monte Tate, incluyendo la hija del director del instituto. La historia dará comienzo cuando cierto samurái solitario despierte de nuevo.