En una época en la que ocurren desastres naturales a gran escala frecuentemente en todo el mundo, donde cyborgs y robots autónomos comienzan a aparecer en el mercado de países tecnológicamente avanzados y donde las principales potencias del mundo compiten por tecnología y recursos, la brecha entre los ricos y los pobres crece y el futuro para estos últimos parece sombrío. En este escenario de transición, nadie parece ver una salida a su situación… Esta es la historia de cómo dos niñas cibernéticamente mejoradas se conocen. Sus nombres son Nene y Clarion.

La película llega en la conmemoración de los 45 años del manga, y está dirigida por Junji Shimizu (Yu-Gi-Oh!, One Piece,Toriko 3D: Kaimaku Gourment Adventure!) y bajo la producción de Toei Animation, productora encargada de otros famosos animes como Caballeros del Zodiaco, Sailor Moon y Candy Candy. El villano Doctor Infierno y su Imperio del Mal vuelven para hacerse con la humanidad y sembrar el caos, lo que hará que Koji Kabuto vuelva a ponerse a los mandos del robot Mazinger Z. Tras descubrir una extraña y diferente forma de vida en el Monte Fuji Kabuto tendrá que hacer frente a un nuevo y desconocido mal y escoger entre volver a ser el héroe o un dios.

En esta nueva aventura una niña nueva llega a la clase de Shin chan. Se llama Saki y todos los niños quieren ser amigos suyos, pero Saki es muy arisca y no quiere saber nada de nadie. Coincidiendo con su llegada, algo extraño empieza a ocurrir en los sueños de los habitantes de Kasukabe. Los adultos noche tras noche viven la misma pesadilla, mientras que los niños disfrutan de us sueños preferidos. Pasan los días y también los niños se ven arrastrados a la pesadilla de los adultos. En ese momento, Shin chan y sus amigos del Ejército de Kasukabe deciden entrar en acción para proteger la ciudad y, de paso, le piden a Saki que se una a ellos. Sin embargo, la niña nueva esconde un secreto que ninguno de ellos imagina.

Sucesos terribles están ocurriendo alrededor de la bahía de Tokio. Los detectives Kusumi y Hata están trabajando en el caso. Su investigación les revelará que los militares japoneses y americanos tienen un papel muy importante en este asunto. Por otra parte, Kusumi comienza a sospechar de la nueva novia de Hata, Saeko, una importante bióloga que puede estar implicada en el extraño caso. Sin embargo, ni uno ni otro están preparados para encontrarse con un monstruo hambriento que parece ser una poderosa arma biológica llamada WXIII: Wasted Thirteen. Es entonces cuando el gobierno decide poner en acción a los robots Patlabors de la Unidad Especial 2.

Un mundo utópico regido por una poderosa ética del bienestar social en el que la nanotecnología aplicada en el campo de la medicina está a la orden del día. Sin embargo, no todo es tan perfecto como parece, y tres chicas se rebelan contra esa bondad totalitaria y esas modernas técnicas médicas cometiendo un suicidio colectivo por inanición, pero fracasan en el intento. Una de ellas, Tuan Kirie, se convierte en un miembro de la Organización Mundial de la Salud. A medida que una crisis amenaza la armonía de este nuevo mundo, Tuan se reencuentra con otra de los miembros del suicidio colectivo, y juntas deberán intentar salvar el mundo.

Después de su primer beso, Kaguya Shinomiya y Miyuki Shirogane no están seguras de cuál es su relación. La inquietante incertidumbre de si podrían ser considerados una pareja oficial desata nuevos problemas mientras Kaguya y Shirogane luchan por resolver sus sentimientos. Mientras los oficiales del consejo estudiantil enamorados se preocupan, llega la temporada navideña y el romance está en el aire. Ante la ternura generalizada, Kaguya y Shirogane deben soportar su afectuosa batalla de ingenio una vez más. Si reconcilian sus sentimientos el uno por el otro, es posible que se encuentren al alcance de lo que ambos han anhelado durante tanto tiempo: el amor verdadero.

Un ser misterioso llamado "Musa" convoca a los más fuertes para que vayan a buscarla, lo que lleva a los Boukenger, los Negativos e incluso al padre de Akashi a buscar en su fortaleza en la montaña sin darse cuenta de su verdadero plan.