En esta temporada las dos heroínas son Saki Hyuuga y Mai Mishou que junto con Flappy y Choppy se transforman en Cure Bloom y Cure Egret.

Si bien la joven Angelique vive sus días en paz en su escuela, los ataques de los monstruosos Thánatos han ido en aumento por todas partes. Dos Purificadores, los hombres con el poder de exterminar los Thánatos, aparecen un día. Uno de ellos, Nyx, intenta convencerla de unirse con ellos en su trabajo, ya que ella tiene el poder de la única mujer Purificadora pero Angelique duda. Entonces un Tánatos aparece en su escuela, Nyx y el otro Purificador, Rayne, luchan en una batalla perdida. Con sus compañeras de clase siendo presa del Thánatos, y los Purificadores siendo golpeados en su presencia, Angelique del deseo de salvarlos a todos despierta y se convirte en la única mujer Purificadora en la tierra de Arcadia, aquella conocida como el "Queen's Egg" ("Huevo de la Reina").

Asai Mugi, un nuevo estudiante en la academia de artes Kumataka, tiene problemas para hablar, cuando se enfrenta a su miedo escénico. Cuando la coacción a unirse a la Sociedad de Investigación Escuelas de arte dramático por alumnos de segundo ciclo, poco a poco los cambios debido a la influencia del grupo.

La historia gira alrededor de Allen Walker, un exorcista, al final imaginario del siglo XIX en Europa. Allen es un miembro de la orden religiosa oscura, formado por exorcistas, conectados con el Vaticano. La misión de la Orden es detener al Conde del Milenio, espíritu necrófago maligno que se propone limpiar el mundo destruyendo a todos los seres humanos con sus armas llamadas "Akuma"