Makoto es un fotógrafo japonés que llega a una base secreta en el centro del desierto, Área 88. De allí los pilotos salen constantemente para realizar misiones en las que arriesgan sus vidas. Uno de los pilotos, Shin, también de origen japonés, atrae la atención de Makoto... ¿Por qué arriesga su vida por un país que no es el suyo? Makoto comenta que encuentra interesante como dos personas con el mismo nombre, solamente pronunciado de distinta manera, pueden tomar caminos tan diferentes. Obviamente el destino les tiene algo resevado...

Yukito es un joven viajero que se gana la vida con un espectáculo de magia y marionetas y que recorre pueblos buscando a una chica alada que vive en el cielo, una historia que su madre le contaba de pequeño, cuando ella aún estaba viva. Un día llega a una pequeña población costera en la que conoce a Misuzu, una chica de la que pronto se hace amigo y que le acoge en su casa. Con el tiempo, Yukito conoce a otros peculiares personajes (todas son chicas, que se da a entender que sienten una atracción más allá de simples amigos por él), con los cuales va profundizando su relación.

Riqueza, fama, poder... un hombre había obtenido todo en este mundo, era el Rey de los Piratas Gold Roger. Antes de morir sus últimas palabras inspiraron al mundo a aventurarse al mar: "¿Mi tesoro? Si lo queréis es vuestro... lo he escondido todo en ese lugar". Y así dio comienzo lo que se conoce como la Gran Era de la Piratería, lanzando a cientos de piratas al mar para encontrar el gran tesoro One Piece. Esta serie relata las aventuras y desventuras de uno de esos piratas, Monkey D. Luffy, quien accidentalmente de pequeño, comió una Fruta del Diablo (Akuma no Mi en japonés), en particular una Gomu Gomu no Mi que hizo que su cuerpo ganara las propiedades físicas de la goma, convirtiéndose en el hombre de goma. Luffy, después de dicho suceso, decide que se convertirá en el próximo Rey de los Piratas y para ello, deberá encontrar el "One Piece".