Escapar es imposible hasta terminar el juego; un game over significaría una verdadera "muerte". Sin saber la "verdad" de la siguiente generación del Multijugador Masivo Online, 'Sword Art Online(SAO)', con 10 mil usuarios unidos juntos abriendo las cortinas para esta cruel batalla a muerte. Participando solo en SAO, el protagonista Kirito ha aceptado inmediatamente la "verdad" de este MMO. Y, en el mundo del juego, un gigante castillo flotante llamado 'Aincrad', Kirito se distinguió a si mismo como un jugador solitario. Apuntando a terminar el juego al alcanzar la planta mas alta el solo continua avanzando arriesgadamente hasta que recibe una invitación a la fuerza de una guerrera y esgrimista experta, Asuna, con la cual tendrá que hacer equipo.

Misaki Takahashi tiene problemas con sus estudios y necesita un tutor para poder acceder a la carrera de economía en la universidad.De esta forma, Akihiko Usami, un escritor de renombre y amigo de su hermano se convierte en su tutor.En un primer momento no se llevan demasiado bién, ya que Misaki Takahasi descubre que Akihiko Usami es gay, escribe novelas tipo "boys love" y además esta enamorado perdidamente de su hermano, al que usa en sus novelas eróticas. Lo que comienza con una mala relación poco a poco se ira transformando en un romance.Además en la misma linea argumental se incorporarán dos parejas mas relacionadas de alguna manera con la pareja protagonista y con la universidad donde estudia Misaki Takahashi. Así este anime nos mostrara 3 facetas diferentes de tres parejas distintas pero siempre con algo en común: la romántica ( Misaki Takahashi y Akihiko Usami), la egoista (Hiroki Kamijou y Nowaki Kusama ) y la terrorista (You Miyagi y Shinobu Takatsuki ).

El doctor Kenzo Tenma es un prometedor neurocirujano japonés que ejerce en el Eisler Memorial Hospital de Dusseldorf. Lo tiene todo en la vida; un trabajo que le apasiona y en el que demuestra una habilidad increíble, y una novia rica y guapa. Sin embargo, un día decide ignorar una orden de su superior y salva a un niño desconocido en lugar de la vida del alcalde de la ciudad. Como consecuencia de esto pierde su privilegiado trabajo y a su novia. Poco después, los médicos que lo destituyeron aparecen muertos y él se convierte en principal sospechoso. Tenna está dispuesto a llegar hasta el fondo de éstas y otras muertes e investigar la verdad sobre el monstruo que hay detrás de todo el asunto.

La historia comienza en la ciudad en forma de domo llamada Romdou, construida para proteger a sus habitantes del ambiente devastante en el cual el planeta ha caído. Es aquí donde los humanos y androides, llamados Autoraves, conviven en paz bajo un complejo sistema de leyes. Tal armonía se ve afectada por una serie de asesinatos cometidos por Autoraves fuera de control infectados con el virus Cogito, lo cual pone en peligro el delicado balance del orden social. Mientras tanto, tras bastidores, el gobierno dirige experimentos ocultos en una forma humanoide llamado Proxy, la cual se cree tiene la llave para la supervivencia del ser humano.

Son los últimos años de la era Taisho, una época turbulenta en la que el imperio militar de Japón se levanta para ir a la guerra con el mundo. El protagonista, Hiiragi Kyoichiro, ha llegado a la Capital Imperial, Tokio, para asistir a la Universidad Imperial. Está decidido a seguir el camino de un erudito y convertirse en un gran hombre en su ciudad natal. Pero ahora el ejército japonés ha puesto su mira en Kyoichiro, debido a una habilidad especial que posee. Como resultado de una enfermedad terrible de su juventud, Kyoichiro ganó la capacidad de ver los espíritus de los muertos.