Después de haber sufrido numerosas guerras interestelares, la humanidad por fin se ha unido. Sin embargo aún hay muchas disputas y guerras entre los mismísimos miembros de la unión. Para resolver estas disputas, se crea una organización secreta conocida como GOTT ("Galactic Organization of Trade and Tariffs", lo que viene a significar "Organización Galáctica de Comercio y Tarifas"), que se dedica a entrenar agentes con poderes especiales para mantener el orden. Los agentes Eclair y Lumiere son dos chicas con asombrosas habilidades, que son asignadas como compañeras. Juntas, a medida que van luchando, van descubriendo más y más sobre la organización para la que trabajan. Al final, nada es lo que parece...

Una noche, mientras caminaba hacia su casa desde la tienda de conveniencia un chico de secundaria Ayumu Aikawa es asesinado por un asesino en serie, y este es devuelto a la vida por una nigromante llamada Eucliwood Hellscythe. Las cosas se ponen aún más extrañas para él cuando accidentalmente roba un uniforme de una chica mágica, y por lo tanto sus poderes! Haruna, la ex-chica mágica, le ordena luchar en su lugar contra las criaturas del mal conocido como Megalo, hasta que pueda ella encontrar una manera de recuperar sus poderes de nuevo.

Nichijou se centra principalmente en las travesuras diarias de un trío de chicas amigos de la infancia de la preparatoria Mio Naganohara, Yuko Aioi y Mai Minakami-cuyas historias se entrelazan en breve con el joven genio Hakase Shinonome, su robot cuidador Nano y su gato que habla Sakamoto. Con cada día que pasa, la vida de estos seis, así como de las muchas personas que les rodean, experimentan tanto las calmas de la vida normal y la demencia de lo absurdo. Caminando a la escuela, ser mordido por un cuervo hablando, pasar tiempo con amigos, y ver al director suplex un ciervo: todos ellos están en un día de trabajo en las extraordinarias vidas diarias de los de Nichijou.

Diez años han pasado desde 'El Gran Terremoto de Tokyo', desastre masivo natural que hundió más del 70 por ciento de Tokio en el océano. Ganta Igarashi es un estudiante de escuela secundaria medio de 14 años en la Prefectura Nagano. Ganta es un sobreviviente del terremoto, pero él no tiene ninguna memoria del desastre y simplemente desea jugar el fútbol y vivir una vida normal. Todo cambió un día cuando un hombre misterioso cubierto en sangre aparece fuera de su ventana de aula. 'El Hombre Rojo' mata a los compañeros de clase de Ganta, pero extrañamente lo deja vivo después del incrustar un cristal carmesí en su pecho. La vida de Ganta va de mal en peor cuando él es culpado por los espantosos asesinatos y condenado a cadena perpetua en 'Deadman Wonderland'.

Un profesor transferido se encuentra a una chica en un campo de tiro y le parece que su puntería es merecedora de ser de una profesional. La chica le dice al nuevo maestro que es un rifle de asalto y que no es una estudiante. Su nombre es FNC y es portadora de rifle de asalto en la Academia Seishou. El nuevo maestro asiste a la escuela la día siguiente para encontrar a los estudiantes, incluyendo a FNC, en una práctica de tiro de M16 y se da cuenta de que ha llegado a una escuela increíble.

Taito ha estado muy somnoliento últimamente, y sigue soñando con una vampira que dice que le ha dado su "veneno". A veces, incluso cree que oye su voz cuando está despierto. Pero después de sobrevivir a un accidente que debería haberlo matado, el mundo de Taito cambia drásticamente y se da cuenta de que sus sueños son más reales de lo que pensaba.