Es invierno en la gran ciudad de Yanagihara, y es el tiempo del amor para los jóvenes. Takashi es un adolescente que planea escaparse a otro mundo, pero es limitado por los pensamientos de su hermana menor Kobato y su novia Asuka. Shusuke tiene un trabajo a tiempo parcial con Hiyoko, a pesar de la aversión que se tenían ambos en un principio. Hayato es un joven antisocial que se gana la vida con empleos ocasionales, pero todo cambiará cuando conozca a una muchacha llamada Naru

Se supone que el personaje principal, Yuuta, es el hermano menor del espectador que se va a estudiar al extranjero a una pequeña isla en el Atlántico que no se puede encontrar en ningún mapa. La escuela a la que ingresa se llama St. Alphonse Academy. Los chicos que estudian aquí son todos "príncipes marginales", lo que parece significar príncipes de regiones remotas, fronterizas o fronterizas.

Cinco años atrás, la mayoría de los aldeanos de Ootsuka murieron debido a una trágica plaga. Pero misteriosamente suficiente, quedaron tres sobrevivientes: Una chica y dos jóvenes emergieron. Conviviendo en una iglesia, los tres sobrevivientes en insolación, ocultándose de aquellos que asechan con encontrarlos. Shino, uno de los sobrevivientes posee el poder sobre Murasame, el sable de la vida. Pero cuando la iglesia imperial intenta raptar el sable para sí mismos, su pacífica vida queda en el pasado...