Se supone que el personaje principal, Yuuta, es el hermano menor del espectador que se va a estudiar al extranjero a una pequeña isla en el Atlántico que no se puede encontrar en ningún mapa. La escuela a la que ingresa se llama St. Alphonse Academy. Los chicos que estudian aquí son todos "príncipes marginales", lo que parece significar príncipes de regiones remotas, fronterizas o fronterizas.

En la historia, de repente aparece en el mundo un enorme agujero del que comienzan a surgir demonios. El rey piensa que es una señal del retorno del gran rey demonio Rukimedsu, que fue sellado por el héroe Kureashion un milenio atrás. El rey decide que los descendientes del héroe han de encargarse de la amenaza y para ello aparecen 75 personas con su sangre. El héroe número 45, Aruba, y un guerrero de palacio bastante sádico unen fuerzas y ahí, comenzará su aventura.

Fushimi Inari está enamorada de su compañero de clase Tanbabashi. Un día, al tratar de hablar con él, accidentalmente lo humilla delante de toda la clase. Pero él se niega a aceptar sus disculpas y para empeorar las cosas ella descubre que él probablemente siente algo por Sumizome. De pronto un dios zorro llamado Uka-no-mitama-no-kami aparece y por haber salvado a una de sus criaturas le ofrece un deseo.

Beck: MCS es la historia de Koyuki, un chico normal de 14 años que no parece tener grandes aspiraciones y que se siente deconectado del mundo en general. Tras salvar a un perro raro de unos niños que lo molestaban conoce a Ryuusuke Minami (el dueño), un hábil guitarrista. Tras una serie de eventos Koyuki se ve envuelto en la nueva banda de Ryuusuke: Beck y su vida monótona y gris empieza a cambiar mientras intentan escalar a la fama…

El argumento se centra en personajes como Kyo Kusanagi, Terry Bogard, Ryo Sakazaki y varios mas, antes y durante su participación en el torneo "The King of Fighters", así como también en los eventos y misterios que hay detrás del mismo, donde antiguas fuerzas sobrenaturales querrán ser apoderadas por villanos con sed de poder y dominio.