Takaki y Akari son dos compañeros de clase en la escuela primaria. Durante su tiempo juntos se volvieron amigos cercanos. Su relación es puesta a prueba cuando Akari se muda a otra ciudad debido al trabajo de sus padres. Ambos sufren dificultades para mantener su amistad viva, mientras el tiempo y la distancia lentamente los separa. Cuando Takaki se entera que se muda a un lugar más lejano, decide visitar a Akari por última vez.

Godzilla y Megalon luchan entre sí en Japón.

Takao, quien está entrenando para convertirse en un zapatero, se salta la escuela para dibujar zapatos en un jardín de estilo japonés, un día se encuentra con una misteriosa mujer, Yukino, que es mayor que él. Los dos se comienzan a ver una y otra vez, pero sólo en días de lluvia. Con el tiempo ellos empiezan a profundizar su relación y a abrirse el uno al otro. Pero el final de la temporada de lluvias está muy cerca...

Taki y Mitsuha descubren un día que durante el sueño sus cuerpos se intercambian, y comienzan a comunicarse por medio de notas. A medida que consiguen superar torpemente un reto tras otro, se va creando entre los dos un vínculo que poco a poco se convierte en algo más romántico.