Al inicio del siglo XXI, da comienzo una guerra interplanetaria. El ecosistema de la Tierra queda gravemente dañado, con lo que la humanidad se ve obligada a abandona el planeta. En varios de los planetas de esta nueva sociedad humana, las cosas que "perturban el corazón", como la música, están prohibidas. Antes de que las llamadas "idols" cayeran en la desgracia y el olvido, el legendario grupo AKB48 es resucitado como la tropa interplanetaria AKB0048.

El Hospital General Mochizuki tiene a algunas de las mejores entrenadas (y bien dotadas) enfermeras en la ciudad. Pero aunque estas señoritas pasan mucho tiempo combatiendo enfermedades, su tiempo libre lo gastan luchando con un tipo diferente de enfermedad… Bajo el liderazgo del director del hospital, miembros del personal y jóvenes de la localidad forman un grupo de mercenarios asesinos, que tienen como objetivo a los “cánceres” de la sociedad y extirpar a aquellos individuos antes de que su locura se esparza.

La historia transcurrirá seis años después de los sucesos de Chaos;Head, con la cual tendrá relación. El 6 de noviembre de 2009 en Shibuya ocurrió un terrible terremoto de 7.8 grados en la escala de Richter. Las bajas mortales llegaron a la friolera de 3.851 muertos. En 2015, una nueva historia comienza en Shibuya.

La historia del anime se lleva a cabo en una frontera donde las personas intercambian bienes entre sí para ayudarse mutuamente a sobrevivir. El Escuadrón Kotobuki son guardaespaldas a sueldo, dirigidos por una líder de escuadrón estricta pero hermosa, una oficial al mando poco confiable y una verdadera jefe de equipo. Junto a las pilotos que no carecen de personalidad, salen al aire en peleas, dejando que el ruido del motor de sus Hayabusa resuenen en los cielos.

La historia sigue a las niñas en un club de manga-Ai, Mai, Mii, y Ponoka-senpai-que podría ser la lucha contra los invasores malignos que amenazan la Tierra, frente a frente contra sus rivales en los torneos, y se ocupan de otras situaciones absurdas cuando no están dibujando manga.

Narra la historia de una estudiante que lleva a la victoria a su equipo de béisbol, luego de poner en práctica todo lo aprendido en un libro que casualmente compró por error, siendo este un libro sobre el manejo de negocios de Peter Drucker.