En el año 2071 unas extrañas criaturas que llamaron WORMS (Weapon Of Raid Machines) comienza a atacar las ciudades de todo el mundo. Durante 3 años trataron de eliminarlos en vano llegando a perder un tercio de la población; como una movida desesperada deciden usar armamentos de destrucción masiva, si bien logran destruir a los WORMS, la humanidad sufre la perdida del 90% de los jovenes muchachos. Asi pasa 10 años y de a poco la población se asentan como puede y con el mínimo recurso. Una parte de la milicia comienza a reclutar a unas civiles (Otoha y Karen) más la transferencia de una joven piloto elite, Eika; comienza a realizar una prueba de unos artefactos prototipos llamados Sonic Diver (SD). Estos SD solo pueden ser manejados por chicas con ciertas características en su ADN. A medida que hacen las pruebas comienzan a hacer pruebas militares con armas y las dudas se confirman cuando les cuentan que recientemente descubrieron que los WORMS no habría desaparecido.

Cuando Daikichi regresa a casa para el funeral de su abuelo, se encuentra con una niña desconocida en el jardín. Después su madre le explica que es la hija ilegitima de su abuelo. La presencia de la niña le causa vergüenza a todos los familiares y nadie quiere adoptarla. Daikichi, molesto por tal actitud, decide cuidar de ella él mismo. ¿Cómo se desarrollará la vida entre el soltero y la silenciosa Rin?

El mar en el mundo se ha contaminado. Toda clase de basura fueron arrojados al mar, por lo que es desagradable en las profundidades del mar. Uno de los habitantes del mar, Ika Musume (Chica Calamar) trata de vengarse de la humanidad por arrojar basura en el mar. Ni idea de la superficie, trata de invadir la humanidad ella sola, tratando de gobernar el mundo, sólo para encontrarse a sí misma trabajando como un burro en una de la playa más cercana.

La historia se sitúa en Ciudad Academia, una ciudad tecnológicamente avanzada localizada al oeste de Tokio que se especializa en el desarrollo de poderes psíquicos, pero también se sitúa en un mundo donde la magia es real. Touma Kamijou es un estudiante de instituto que posee en su mano derecha un misterioso poder llamado Imagine Breaker, el cual puede negar cualquier fenómeno sobrenatural ya sea psíquico o mágico, lo que también anula su propia buena suerte. Un día encuentra a una chica llamada Index colgada de su balcón. Ella es una monja que posee en su mente el Index Librorum Prohibitorum, el cual es una colección de 103.000 libros mágicos. Cuando los caminos de la ciencia y la magia se cruzan, esta historia comienza.

Yui es una chica que acaba de comenzar el instituto y cuya ilusión es unirse a algún club, aunque no sabe a cuál. Mio y Ritsu son dos amigas de la infancia que llegan juntas al instituto y deciden unirse al Club de Música Pop, o al menos es lo que Ritsu quiere y con ello arrastra a Mio en contra de su voluntad. El club ha perdido a todos sus miembros y solamente quedan ellas dos como nuevas, si no consiguen a dos miembros más en menos de 10 días les cerrarán el club. La fortuna hace que una chica que buscaba otro club acabe uniéndose a ellas y la cuarta en unirse al club será Yui. La cosa es que Yui no tiene ni idea de tocar instrumentos, al contrario que sus 3 compañeras, así que comenzará desde 0 y con mucha ilusión a tocar la guitarra para que juntas puedan tocar como Dios manda.