En 1966, cinco niños son secuestrados por un grupo alienígena conocido como los Cazadores Alienígenas, que trabajan para el Imperio del Experimento Reconstructivo Mess, que buscaban muestras humanas para experimentar. Los niños son rescatados por los archienemigos de Mess, la raza alienígena Flash, que se llevó a cada uno a un planeta diferente del sistema solar Flash para entrenarse. Cada uno fue entrenado por separado en una variedad de superpoderes que les permitirían luchar contra Mess, y sus cuerpos asimismo se adaptaron a la atmósfera del sistema solar Flash, lo que les dio habilidades especiales. Cuando finalmente regresaron a la Tierra en 1986 para combatir a Mess, que ahora está intentando invadirla, aprovechan la oportunidad para buscar a sus parientes biológicos. Después descubren que su tiempo en la Tierra está limitado, ya que la atmósfera de la Tierra se ha convertido en venenosa para ellos, y en un año morirán por lo que se llama el fenómeno Anti-Flash.

Riqueza, fama, poder... un hombre había obtenido todo en este mundo, era el Rey de los Piratas Gold Roger. Antes de morir sus últimas palabras inspiraron al mundo a aventurarse al mar: "¿Mi tesoro? Si lo queréis es vuestro... lo he escondido todo en ese lugar". Y así dio comienzo lo que se conoce como la Gran Era de la Piratería, lanzando a cientos de piratas al mar para encontrar el gran tesoro One Piece. Esta serie relata las aventuras y desventuras de uno de esos piratas, Monkey D. Luffy, quien accidentalmente de pequeño, comió una Fruta del Diablo (Akuma no Mi en japonés), en particular una Gomu Gomu no Mi que hizo que su cuerpo ganara las propiedades físicas de la goma, convirtiéndose en el hombre de goma. Luffy, después de dicho suceso, decide que se convertirá en el próximo Rey de los Piratas y para ello, deberá encontrar el "One Piece".