'Carlos, Rey Emperador', narra la historia de uno de los hombres más poderosos que ha conocido Europa, gobernador de un imperio de proporciones tan extraordinarias como su diversidad. La serie relata la vida de Carlos de Habsburgo desde su llegada a España, de qué modo el heredero del Imperio Germánico, de Borgoña, de los Países Bajos, del Franco Condado, Artois, Nevers y Rethel, de los territorios de la Corona de Aragón y sus posesiones italianas vinculadas y de los castellanos, norteafricanos y americanos de la Monarquía Católica crece cómo estadista, cómo se fortalece al reaccionar a las amenazas que le rodean con los aciertos y errores de sus consejeros.

Hace cinco años, dos niñas de once años, Ana y Lucía, desaparecieron en Monteperdido, un pueblo del Pirineo. Tras una extensa búsqueda, el caso nunca se resolvió y los vecinos quedaron marcados por la tragedia. Ahora, una de las niñas, Ana, ha regresado. Dos agentes de la UCO especializados en desapariciones, Santiago Baín, teniente al final de su carrera, y Sara Campos, joven sargento, trabajarán junto al cabo de la Guardia Civil local en una investigación que pronto se revelará como un laberinto. Ana no puede decir prácticamente nada acerca de su captor, que evitaba en todo momento mostrar su identidad. Las autoridades se volcarán con el caso para encontrar a Lucía, pero los habitantes de Monteperdido, incluso las familias de las niñas atrapadas en sus secretos y mentiras, no se lo pondrán nada fácil a los investigadores. Algo tienen claro: el monstruo está entre ellos y los agentes iniciarán una caza que pondrá en peligro sus propias vidas.

Narra el relato de dos parejas de mediana edad en una historia que se cuenta en dos tiempos, que arranca con un accidente, y en la que se habla de relaciones humanas y segundas oportunidades.

En un pueblo de Castilla, interminables campos de cereal mecidos por el viento se extienden hasta más allá de donde alcanza la vista. Allí se encuentra un municipio tranquilo donde se ubica el matadero de Francisco (Antonio Garrido), un empresario que se dedica al procesado de la carne, importa cerdos baratos y de baja calidad desde Portugal para luego venderlos. En el matadero trabaja su cuñado Alfonso (Pepe Viyuela), veterinario de profesión, un hombre débil y un tanto cobarde que en el fondo está harto de mirar hacia otro lado certificando animales de dudosa calidad y que cualquier otro echaría para atrás.

La serie narra las aventuras de Manuel Lobo (Sancho Gracia), un abogado maduro, viudo y padre de tres hijas que se encuentra ante la tesitura de caminar por el filo de la ley para evitar que su hija pequeña, Lucía (Miryam Gallego), acabe en la cárcel por tráfico de droga. Sus otras dos hijas Carmen, juez instructora y Mara, médico forense, le ayudarán en su labor.

Tras la victoria de Franco, el doctor Guillermo García Medina (Javier Rey) sigue viviendo en Madrid bajo una identidad falsa. La documentación que lo libró del paredón fue un regalo de su mejor amigo, Manuel Arroyo Benítez (Tamar Novas), un diplomático republicano al que salvó la vida en 1937. El doctor García cree que nunca volverá a verlo pero, en septiembre de 1946, Manuel vuelve del exilio con una misión secreta y peligrosa. El diplomático republicano pretende infiltrarse en una organización clandestina, la red de evasión de criminales de guerra y prófugos del Tercer Reich que dirige desde el barrio de Argüelles una mujer alemana y española, nazi y falangista, llamada Clara Stauffer.