FLCL sigue a Naota Nandaba, un niño de doce años que vive en el suburbio japonés ficticio de Mabase, y sus interacciones con Haruko Haruhara, que llega al tranquilo suburbio, atraída por las casas industriales de la ciudad y el edificio de Medical Mechanica. Tsurumaki ha dicho que intentó "romper las reglas" del anime al hacer FLCL, por ejemplo, eligiendo una banda japonesa contemporánea para la banda sonora, y modelando el estilo más bien a partir de "un anuncio de televisión japonés o un vídeo promocional", creando una obra "corta, pero llena de densidad".

Shiraishi Urara es una estudiante modelo con excelentes calificaciones, mientras que Yamada Ryu es un pésimo estudiante que siempre reprueba sus exámenes. Cuando estos dos se encuentran de casualidad en las escaleras, ambos chocan y caen al piso. Cuando se levantan, se dan cuenta de que han intercambiado cuerpos y descubren que pueden hacerlo cuantas veces quieran siempre y cuando se besen. Sin embargo, ellos dos no son los únicos con habilidades especiales, ya que hay otras 6 brujas que poseen otro tipo de poderes sobrenaturales. Shiraishi y Yamada emprenderán una aventura para desenmascarar a las otras brujas y descubrir sus poderes.

Un hecho fortuito desencadena el amor de Shouyou Hinata por el voleibol. Su club no tenía ningún miembro, pero de algún modo perseveró y finalmente realizó su primer y último partido regular de la escuela secundaria, donde fue aniquilado por Tobio Kageyama, un jugador superestrella conocido como "Rey de la Corte." ¡Jurando venganza, Hinata ingresa en el club de voleibol Karasuno, de secundaria alta, solo para volver a encontrarse cara a cara con su odiado rival, Kageyama!

Cada temporada de Kamen Rider presenta una historia diferente con personajes y tramas independientes, aunque todas siguen un esquema similar. El protagonista suele ser un motorista que por diversos medios, la mayor de las veces tecnológicos y a veces mágicos o combinación de ambos según la temporada, se transforma, siempre utilizando la frase Henshin ("transformación") en un superhéroe llamado Kamen Rider con un traje blindado y una máscara que generalmente está decorada recordando a un insecto.En unas temporadas hay un solo Kamen Rider, mientras que en otras hay dos o más, habiendo algunas que presentan más de diez Riders diferentes. Estos Riders luchan contra enemigos diversos o incluso a veces entre ellos. Los poderes del Kamen Rider siempre tienen un origen estrechamente relacionado con los villanos, pero usa esos poderes para el bien en lugar de para el mal, y esta relación se convierte en fuente de conflictos argumentales según la temporada.

La historia se desarrollará en Endra, un mundo desconocido bajo la superficie de la Tierra. Es un mundo completamente diferente en el que la gigante Adamas brilla en lo alto. Shun Asanaga es un estudiante de secundaria corriente de quince años, pero muy positivo, y que vive en la “Tierra de arriba”. Ha descubierto un misterioso cristal en la compañía de investigación científicia de su padre, y cuando lo toca, se transporta a Endra. Allí conoce al príncipe Emirio, que odia al Rey Deurzai y acaba de cumplir los 16 años. Tiene edad para ascender al trono y blande un arma para poder buscar venganza, pero la diferencia de fuerza entre él y el rey al que odia, es insuperable para él. Capturado y hecho prisionero por Deruzain, Emirio ha perdido la esperanza. En ese momento, los muros de la prisión se distorsiona y Shun aparece entre ellos. Dos jóvenes que viven en Endra: uno que quiere volver a su antiguo mundo y uno que busca venganza.