Cuando Mio muere, deja atrás a Takumi y Yuji, que se deben apañar solos. Sin embargo ella prometió que volvería durante la siguiente estación de lluvias. Cuando llega ese momento y mientras paseaban, Takumi y Yuji se encuentran a una mujer que es idéntica a Mio. No recuerda nada, pero dada la promesa que les hizo la aceptan como Mio, y ella también y se va con ellos. Para recuperar la memoria, ella le pide que le cuenten cómo se conocieron y se enamoraron. (FILMAFFINITY)

En el film anterior, se había conseguido derrotar a un nuevo Godzilla gracias a un gigantesco robot muy similar al monstruo: el Mechagodzilla o Kiryu, que ahora está en proceso de reparación. Mientras tanto, las diminutas gemelas de la Isla Infante (hogar de Mothra) proporcionan al doctor Chujo una información de vital importancia: Kiryu ha sido construido con los huesos del Godzilla original, y el espíritu del monstruo no descansará hasta que sus restos regresen al mar. Chujo se pone en contacto con el Gobierno para que destruyan el proyecto Kiryu, porque Mothra, en cuanto reaparezca Godzilla, defenderá de nuevo el Japón, pero ministros y militares desoyen la advertencia. Y el gigante verde vuelve a aparecer en Tokio, desatando una oleada de destrucción. Pronto tendrá lugar el enfrentamiento entre Godzilla y Mothra, que cuenta con la ayuda del robot gigante, aunque no está totalmente reparado.

El fantasma de una escolar acecha a una mujer divorciada y a su joven hija tras mudarse a un viejo edificio.

Los Xillian, una raza alienígena, inicia la invasión de la Tierra, primero mediante engaños y después abiertamente, sirviéndose de un pequeño ejército de monstruos gigantes. Solo un grupo de resistencia formado por miembros de la EDF (Earth Defense Force) podrá hacerles frente. Pero para derrotar a los monstruos deberán despertar de su letargo en la Antártida a la peor amenaza que jamás haya conocido la humanidad, pero que ahora podría ser la última esperanza de salvación: el Rey de los Monstruos, Godzilla.

Misako (Ayame Misaki) es una apasionada guionista de películas para invidentes. Su meticulosidad al transcribir el lenguaje visual al escrito, esforzándose por encontrar la palabra perfecta para cada color, gesto o textura, la hacen olvidarse de algo tan importante como los sentimientos. En una proyección cinematográfica conoce a Masaya (Masatoshi Nagase), un fotógrafo que está perdiendo la vista lentamente. Misako pronto descubrirá las fotografías de Masaya, que la transportarán a algunos recuerdos de su pasado. Juntos aprenderán a ver de manera resplandeciente el mundo que antes era invisible a sus ojos.