1827. Un aventurero inglés y su esposa cruzan los mares a bordo de un bergantín. Llevan consigo 300 plantas de café traídas del Yemen y, tras muchas vicisitudes, llegan a Chiapas (México), donde esperan hacer fortuna. Por aquel entonces Chiapas era un estado autónomo, recién liberado de la Capitanía de Guatemala e indeciso en cuanto a su anexión a México. En medio de la belleza y la hostilidad de la selva surge una historia de amor que coincide con la llegada del café a la región.

Rocío es una niña maya mam que vive en las montañas del altiplano en Guatemala. Cuando su madre empieza a tener contracciones que anuncian un parto adelantado, Rocío se encuentra a punto de vivir la aventura de su vida. Debe hacerse cargo de un rebaño de ovejas y llevarlo a través de los pastos montañosos por su cuenta. Rocío es muy joven para tal tarea y cuando va en busca de una oveja perdida, el resto de la manada se escapa. Rocío debe encontrar la forma de superar el reto y hacer frente a sus peores miedos.

Lalo es un adolescente de catorce años que, desde un enfoque ingenuo, se involucra en el mundo subterráneo de la mafia del robo de gas mientras intenta ganar dinero para comprarle un regalo a Ana y ganarse su corazón.

Nudo mixteco abordará tres perspectivas distintas de esa experiencia humana que prácticamente no se ha abordado nunca: la sexualidad de las mujeres indígenas en México.