El lugar donde se desarrolla la trama es la ciudad de Pequeño Tokio (Edoropolis en la versión japonesa), que mezcla elementos tradicionales y futuristas. Está poblada por muchos tipos de jujin o animaloides, muchos de los cuales tienen partes cibernéticas en sus cuerpos. El gobernante oficial es el Emperador Fred (Shōgun Tokugawa). Desafortunadamente, el emperador está rematadamente loco, porque le fueron quitadas sus muelas del juicio. Por lo tanto, Pequeño Tokio es actualmente gobernada por la princesa Violeta y un consejo. La cabeza del concilio es el primer ministro Gran Quesote, quien constantemente intenta derrocar al emperador y convertirse en el emperador de Pequeño Tokio. Solamente el Gran Dientón (Al Dente) (Wanko-no-Kami), comandante de la Guardia del Palacio, sabe de los planes clandestinos del Gran Quesote. No tiene pruebas suficientes para exponerlos ante la luz pública y mostrar lo que verdaderamente es Quesote, lo único que le queda es prevenir sus esfuerzos de lo que pueda suceder. Él reclutó tres jóvenes gatos guerreros, los Gatos Samurái, cada uno de los cuales posee habilidades y armas para ayudarlo a mantener la paz entre los ciudadanos de Pequeño Tokio, a pesar de los intentos del Gran Quesote, el cual toma la forma de un robot gigante.

El protagonista es Hidaka Shurato, un chico de 16 años, que en medio de una competencia de artes marciales es transportado, junto con su mejor amigo Gai hasta Tenkuukai, el mundo de los dioses, por la diosa de la armonía, Vishnu. Allí se entera de que él y Gai son reencarnaciones de dioses Deva. Indrah, general de los dioses deva, convierte en piedra a Vishnu y culpa a Shurato y a sus amigos de ello, haciendo que el resto de los dioses deva, incluyendo a Gai, se vuelvan en su contra. Ahora Shuraro debe tratar de revivir a Vishnu y salvar a todos de la invasión de los dioses Ashura, así como probar su inocencia, para rescatar su amistad con Gai.

Sanshiro, un artista marcial adolescente, entrena en la Escuela Kurenai de Jiujitsu y busca al asesino de su padre. Acompañando a Sanshiro está un niño huérfano llamado Kenbo y su perro Boke. La única pista de Sanshiro sobre el asesino de su padre es un ojo de cristal que quedó en la escena del crimen, lo que sugiere que el asesino de su padre tenía un solo ojo.

Tetsuya Azuma, también conocido como Casshern, es un androide con un neoroider de conciencia humana. Tetsuya se convirtió en un androide con el propósito de cazar y destruir robots que se han apoderado del mundo. Su padre biológico, el Dr. Kotaro Azuma, fue el inventor de los autómatas que originalmente estaban destinados a servir a la humanidad. Sin embargo, el primer androide, BK-1, fue alcanzado por un rayo y perdió el control. Con su gran fuerza, escapó del castillo a pesar de los intentos de detenerlo.

En 2387 el planeta Maris, que es considerado como la segunda tierra, es atacado por el imperio Nohza. Los Nohzas necesitan a Maris para poner los huevos de la siguiente generación de su raza, antes de toda la generación actual fallezca. Sin embargo, no conocen la ubicación de tres pistolas de inmensa energía que son las únicas capaces de eliminarlos. Se forma un trió para, blandiendo las pistolas Zillion, defenderse de los invasores: los Caballeros Blancos.