La historia se centra en Kagami Sakimori, un jugador de un videojuego VRMMO en el que él es uno de los nuevos grandes sabios del juego, el estoico invocador Dunbalf. Después de una sesión de juego, decide irse a dormir, pero cuando despierta descubre que ha sido introducido dentro del juego, y que ahora ha tomado la forma de una hermosa chica.

Un día, de camino a clase, Junpei recoge una extraña roca. Sin pensar mucho en el asunto, lleva la roca a clase, pero cuando en mitad de una clase la roca comienza a levitar, todos piensan que es un truco de magia. ¡Pero no! La piedra en realidad es un ser vivo que transporta a unos cuantos chicos de la clase a otro mundo al ser elegidos como héroes para destruir a un malvado ser que amenaza con destruirlo todo. Pero... ¡ellos eran chicos 3D y han pasado a convertirse en personajes animados! ¿Cómo protegerán el mundo, como humanos de carne y hueso, y como personajes de anime?

Estamos en 2022 El ecosistema de la Tierra está más que nunca en peligro.Los japoneses luego recurren a las técnicas ancestrales de su país para crear sus propios recursos naturales.Se aprueba la Ley Ninja y todos los ciudadanos deben someterse a un entrenamiento ninja. Japón es una vez más una sociedad ninja. Pero, en las sombras, acecha la amenaza de la Serpiente Arco Iris, un grupo de ninjas malvados.Pero Rentaro Kagura no lo escucha así. ¡Como Kamen Rider Shinobi, se opone a ellos!