Eros y Masacre es la biografía del rebelde socialista de principios del siglo XX Sakae Osugi, y de las tres mujeres que compartieron su vida: Hori Yasuko, su mujer; su segunda amante, la celosa Itsuko Masaoka, una militante feminista; y Noe Ito, su tercera amante, una importante activista social y novelista. Paralelamente a la historia de Osugi, la película sigue las aventuras sub rumbo de dos estudiantes radicales de los 60: la ninfómana Eiko y el impotente y pirómano Wada, explorando teorías políticas e ideas sobre el amor libre mantenidas por Osugi. Fantasean sobre la Era Taisho, y Yoshida alterna y mezcla continuamente la línea entre la fantasía y la realidad hasta que las dos líneas argumentales se entremezclan. Yoshida, como su contemporáneo Godard, acepta que una película es un artificio y juega con el espacio y el tiempo.

Después de la detonación de las bombas atómicas de Hiroshima y Nagasaki, el ejército japonés y el gobierno se enfrentan por la demanda de los aliados de la rendición incondicional. El Ministro de Defensa Anami defiende el continuar luchando, hasta la muerte del último japonés si hace falta. El Emperador Hirohito se reune con sus ministros para solicitar la impensable rendición pacífica del Japón. Cuando el ejército planea un golpe para derrocar al gobierno civil del Emperador, Anani debe decidir entre sus deseos o su lealtad al Emperador.