Masaya Kakei vive agónicamente una vida universitaria que está lejos de ser ideal. Un día recibe una carta de Yamato Haimura, un vicioso criminal que ha asesinado a muchos jóvenes y ha sido condenado a muerte en nueve de sus casos. "Quiero que pruebes que hay otros culpables en un caso". Masaya comienza a investigar por su cuenta la verdad del incidente.

Con el fin de ocultar la corrupción pasada por el gobierno, el grupo Kyuryu procede a un plan para destruir una calle y construir un casino. Para detener el grupo Kyuryu, los miembros de SWORD comienzan a moverse.

Mientras asiste al baile real con Cenicienta, Caperucita Roja se ve inmersa en un gran misterio. ¿Podrá resolver el caso antes de que llegue la medianoche?

Crows Zero 3 se desarrolla en el insituto de chicos Suzuran, un mes después de la graduación Takiya Genji (uno de los protagonistas de la película anterior). El puesto del chico queda libre y un estudiante recientemente transferido al instituto, Kaburagi Kazeo lucha contra Kagami Ryohei para alcanzar la vacante.

Sayaka trabaja en una oficina. No es muy buena en su trabajo y tiene una vida solitaria y monótona. Una noche, un joven llamado Itsuki aparece agotado frente a su casa. Sayaka le deja entrar y a partir de ese momento comienzan a vivir juntos. Itsuki le prepara la comida y van juntos a recoger hierbas silvestres. Él, a pesar de que se ve como una persona alegre, esconde un secreto.

Una ciudad devastada y peligrosa controlada por 5 bandas: "Sanno Association" y su segunda generacioón de luchadores Sanno Shouten (S), los atractivos demonios blancos conocidos como "White Rascals" (W), la oscura y brutal "Onija High School" (O), los fantasmas de la calle despiadada, los "RUDE BOYS" (R) y la familia de los destructores vengativos de "Daruma Hooligans" (D). Conocidos como S.W.O.R.D. Antes de estas 5 bandas, la legendaria banda de "Mugen" dominaba la ciudad. Mugen y "los hermanos Amamiya" (que no se someten a Mugen) se enfrentaron, poco despues Mugen se disolvió. Ahora la ciudad enfrenta enemigos que quieren hacerse con el control. Ellos son el Grupo Iemura y un grupo misterioso llamado "Mighty Warriors"

En la región japonesa de Nara, una ensayista francesa (Juliette Binoche) conoce a un misterioso hombre que vive en las montañas (Masatoshi Nagase). A pesar de la barrera del lenguaje y la cultura, ambos sentirán la necesidad de acercarse el uno al otro.

Dos miembros de S.W.O.R.D ganan contra Wangan Rengogun, que es conducido por Kohaku. Sin embargo, aparecen las bandas más brutales. Las pandillas son Doubt, dirigido por Ranmaru Hayashi, y Prison Gang, dirigido por Jesse. Estas pandillas intentan dominar el área controlada por SWORD. Finalmente, Doubt, con la ayuda de Prison Gang, desafía a White Rascals a luchar.

Tsugumi Kawana trabaja en una compañía de diseño interior. Conoce a Itsuki Ayukawa, su primer amor.