"Crows II" continúa la historia donde terminó "Crows-Zero": el último curso en el instituto Suzuran se acerca a su fin para Genji y sus compañeros. Aún así, los problemas para el instituto de los Cuervos no han hecho más que empezar. Genji sigue obsesionado con vencer a Rindaman aunque todos sus intentos terminen en derrota, para alegría del grupo de Serizawa. Mientras Makise, Izaki y Chuta intentan convencer a Genji para que lo deje correr, un peligro aún mayor que Rindaman empieza a forjarse a las puertas del instituto; los alumnos del instituto Hosen, enemigo natural de Suzuran, se preparan para cumplir la venganza que llevan planeando desde hace dos años cuando Noboru Kawanishi, entonces líder de Suzuran, asesinó a Makio Bito, líder de Hosen. Genji demostró ser el más fuerte de Suzuran, pero... ¿podrá dominar a todo el instituto y erigirse como el líder que derrotará a Hosen en la nueva guerra que acaba de estallar?

54 chicas se tiran a las vías del tren. Este suceso es sólo el principio de una serie de suicidios en cadena que se extiende por todo Japón. ¿Tendrá algo que ver el nuevo grupo musical Desert? El detective Kuroda intentará encontrar la respuesta, que no será tan sencilla como él desearía...

Jiro es un universitario cuya vida es tan triste que no tiene amigos, novia o familiares con los que celebrar su cumpleaños. Un año, mientras se compra un regalo, conoce a una chica guapísima con la que pasa la tarde. Al llegar la noche, la chica dice que tiene que irse, no sin antes confesarle a Jiro que es un robot y que viene desde el futuro. El tiempo pasa y Jiro no la vuelve a ver... hasta su siguiente cumpleaños. Esa vez la chica parece haber venido para quedarse.

Genji, un joven adolescente hijo del jefe de un clan mafioso, decide demostrar a su padre que es capaz de ponerse al cargo del negocio familiar. Para hacerlo, intentará conseguir lo que nunca nadie consiguió, ni siquiera su propio padre: convertirse en el dueño y señor del Instituto Masculino de Suzuran, el peor y más peligroso centro estudiantil del país. Una vez llega al Instituto, Genji descubre los complicados entresijos que se mueven dentro: numerosos grupos enfrentados los unos con los otros pelean entre sí para conseguir dominar al resto, y proclamarse los reyes de Suzuran. Si Genji quiere hacerse con el control primero tendrá que conseguir un gran grupo de aliados para poder hacer frente al gran enemigo, la única persona que está a su altura y es capaz de arrebatarle el puesto: Tamao Serizawa

Midori, Tsubame y Sayaka son un enérgico trío de chicas de primer año de preparatoria que se reúnen en el Eizo-ken (Club de Investigación de Video) para convertir sus sueños de producir un anime en una realidad. Midori está nerviosa por crear un anime por su cuenta. Conoce a Tsubame, que parece ser una joven acomodada, pero realmente tiene un sueño: ser animadora. Sayaka, la mejor amiga de Midori, tiene un gran sentido de las finanzas para llevar a cabo el proyecto y se une a las otras dos chicas en búsqueda de sus sueños.

Un nuevo virus comienza a arrasar la ciudad el cual es bastante particular y llamativo, ya que se trata del virus Pac-Man, genedaro del mítico vídeojuego de varias décadas en el pasado. Emu y compañía deberán enfrentarse a ésta nueva epidemia que está azotando todo, pero para ello necesitán la ayuda de varios héroes del pasado que regresarán una vez más para proteger a las personas que siempre jugaron salvar.