Una serie de muertes inexplicables comienza a suceder alrededor de un equipo de científicos dedicados a la realidad virtual. Pronto, el mundo real y el virtual se entrecruzan para siempre.

Un nuevo enemigo se une a las tres bandas Gokuraku Cho, Beast y Hiroshima Nights.

Frente a la despedida y la graduación, Naomi Nakashima, su amigo de la infancia Satoshi Mochida y sus compañeros de clase están limpiando después de su último festival cultural, cuando la representante de la clase amante del terror, Ayumi Shinozaki, decide interpretar Sachiko Ever After para que sigan siendo amigos para siempre. En cambio, fueron llevados a una ceremonia de graduación embrujada de la escuela primaria Heavenly Host, obligada a cerrar después de una serie de horribles asesinatos. ¿Qué destino les espera a Naomi y sus amigos en la escuela maldita...?

Para recuperar a sus amigos muertos, la estudiante de secundaria Naomi (Rina Ikoma) regresa a la escuela primaria donde ocurrió una tragedia. Ella se ve involucrada en un nuevo incidente.

Hace 12 años, el accidente Daybreak Town cambió el mundo y trajo una nueva prosperidad hacia la inteligencia artificial. Pero, ¿y si eso fuera a cambiar todo? Sougo Tokiwa renunció a su conquista por el poder después de que eligió restablecer el mundo y vivir una vida mundana. Sin embargo, cuando Time Jacker comenzó a alterar la historia una vez más, Sougo se ve obligado a asumir el manto como Kamen Rider Zi-O una vez más, cuando se encuentra con Aruto Hiden, el Rider nativo del mundo que tiene que salvar. Esta es la historia de dos Kamen Riders de dos mundos diferentes, cuya lucha juntos finalmente determinará el destino de toda la realidad.