Año 2012, la ciudad maliense de Tombuctú ha caído en manos de extremistas religiosos. Kidane vive tranquilamente en las dunas con su esposa Satima, su hija Toya e Issam, un niño pastor de 12 años. Pero en la ciudad los habitantes padecen el régimen de terror impuesto por los yihadistas: prohibido escuchar música, reír, fumar e incluso jugar al fútbol. Las mujeres se han convertido en sombras que intentan resistir con dignidad. Cada día, unos tribunales islamistas improvisados lanzan sentencias tan absurdas como trágicas. El caos que reina en Tombuctú no parece afectar a Kidane hasta el día en que accidentalmente mata a Amadou, un pescador que ha acabado con la vida de su vaca favorita. Ahora debe enfrentarse a las leyes impuestas por los ocupantes extranjeros.

Es la historia de amor absoluto entre César y Paz. Paz, fotógrafa española, sacia su sed de encuentros, experiencias y viajes, mientras que César, ex-reportero de guerra, busca lo opuesto, aislarse del tumulto y del ruido. Paz está embarazada y siente que se ahoga ante esta perspectiva. Cada día parece que se aleja más y más de César, como obsesionada por algo que a él se le escapa. Hasta el día en que desaparece, dejando a César y a su hijo sin explicación.

El sargento Xavier, agotado por la guerra, y el joven recluta Faustin se separan accidentalmente de su batallón ruandés al salir para realizar una redada nocturna en pleno territorio congoleño. Se enfrentan a la falta de agua, de comida, a la malaria y a los peligros de la selva. Los dos intentan reunirse con sus compañeros yendo hacia el Oeste, pero deben tener cuidado con la población local, debido a la antipatía que los congoleños sienten por el ejército ruandés, y con la presencia de facciones rebeldes.