Haruka y Sora Kasugano vuelven a casa, a un lugar lleno de recuerdos. Tras haber perdido a sus padres en un trágico accidente de coche, los gemelos deciden volver al campo y empezar de nuevo la vida en la casa de su abuelo, un recuerdo constante de los momentos de su pasado. Los saludan sus amigos de la infancia, Nao Yorihime y Akira Amatsume, y la recién llegada Kazuha Migiwa. Es una cálida bienvenida, simbólica de los días que deben llegar. Su paz es meramente efímera, sin embargo, a medida que las emociones reprimidas, nacidas de votos tanto recién descubiertos como olvidados, comienzan a ejercer su influencia en las nuevas vidas de los gemelos. Y en el fondo, un oscuro secreto, sólo conocido por ellos, comienza a desatarse.

Uryu Kamihate es un estudiante de secundaria que espera matricularse en la facultad de medicina de la Universidad de Kioto. El sacerdote jefe del santuario Amagami le da un hogar y le dice que debe casarse con una de las tres jóvenes hermanas sacerdotisa del templo, Yae, Yuna o Asahi, si quiere seguir viviendo en el santuario Amagami y heredarlo algún día. Kamihate tendrá que conquistar a una de las jóvenes en esta historia de romance, amistad y diversión.