En el Japón de la posguerra, Godzilla trae una nueva devastación a un paisaje ya abrasado. Sin intervención militar ni ayuda gubernamental a la vista, los supervivientes deben unirse frente a la desesperación y luchar contra un horror implacable.

En el período Edo, en la remota aldea de Okitsu, el malvado líder de una secta Koushirou usa ninjutsu para hechizar a los tiburones y los obliga a atacar a los buceadores de perlas locales para que la secta pueda robar las perlas de sus cadáveres destrozados. Desesperado por obtener ayuda, el jefe de la aldea contrata a Kotaro Shiozaki, un guardia en un templo cercano, pero Kotaro pronto encuentra su camino bloqueado por la dama ninja Kikuma y un tiburón gigantesco que no parece ser algo de este mundo.