Año 1969. En un estricto colegio de mujeres la carismática Abbie y la problemática Lydia son grandes amigas. Después de una tragedia ocurrida en el lugar, una misteriosa epidemia de desmayos estallará amenazando la estabilidad de todos los residentes.

Una horrible tragedia familiar lleva a Jacob, de 16 años, a viajar por la costa de Gales, donde descubre las ruinas del hogar para niños especiales de Miss Peregrine. Mientras explora los destartalados cuartos y pasillos, se da cuenta que los niños que vivieron allí (uno de los cuales fue su abuelo) eran excepcionales. Quizá eran peligrosos, quizá había una buena razón para ponerlos en cuarentena en una isla desierta; incluso podría ocurrir que todavía estuvieran vivos.