Los habitantes de una pequeña isla se han visto acosados por unas extrañas aves denominadas Gyaos. Cuando el ejército se propone capturar a los siniestras aves, una tortuga gigante de origen desconocido aparece para destruirlas antes de que provoquen la destrucción en la Tierra.

Un misterioso meteorito se estrella en Japón desatando la invasión de cientos de criaturas insectoides conocida como Legión. Las criaturas se dirigen peligrosamente hacia Tokio, obligando al ejército a despertar nuevamente a Gamera, la única criatura que les podrá hacer frente y defender Japón y al mundo entero