Repentinamente, Alice se encontró a sí misma en medio de un bosque que nunca había visto, y siendo observada por una criatura con cierto parecido a un hada. Entonces, una bruja montada en una escoba vino y las atacó; ella y el hada salieron huyendo sin saber por qué. Hasta esa mañana, Alice era una chica normal que se encontraba en clase sin atender demasiado a su profesora. Ella debiera haber sido tan sólo una niña de 11 años, que abría un libro titulado "Un libro que te hace bruja", el cual le había regalado su padre, y haberse imaginado a sí misma como una bruja. Ámbas fueron capturadas por la bruja y confinadas en una prisión para hadas. Pronto, unas brujas aprendizas, Sheila y Eva, llegaron y se quedaron sorprendidas de ver que había un humano en el mundo mágico. Alice también llegó a la conclusión de que aquello era un mundo mágico.

En el mundo de Gamindustri, cuatro diosas que compiten entre sí gobiernan las tierras de Lastation, Leanbox, Lowee y Planeptune. Cuando las fuerzas oscuras amenacen su poder, tendrán que aprender a trabajar juntas si quieren derrotar al mal.

Nao es una joven estudiante que pasa su tiempo admirando las nubes desde el techo de su escuela. Un día, ella ve a un gato que tiene la capacidad de "volar". Sorprendida, se cae del tejado. Afortunadamente, su caída se ve ralentizada por una fuerza enigmática. Es entonces ahí cuando descubre que su maestro, el Sr. Taiki, pertenece a un misterioso clan en el cual los miembros pueden controlar el viento.

La historia se desarrolla en el pueblo rural de Asahigaoka, donde muchas de las comodidades de las grandes ciudades están a varios kilómetros de distancia y la escuela local consta de sólo cinco estudiantes, cada uno de los cuales provienen de diferentes cursos de primaria y secundaria. Hotaru Ichijo, una estudiante de quinto de primaria, originaria de Tokio, es transferida a la escuela de Asahigaoka y debe adaptarse a la vida de campo junto a sus nuevas amigas.

Okabe Rintarou es un joven que se define a sí mismo como científico loco. Juntos con sus amigos Mayuri y Daru, forma parte el “Laboratorio de Dispositivos del Futuro” una especie de laboratorio clandestino en un pequeño apartamento. Okabe y Mayuri acuden a una conferencia sobre viajes temporales cuando se topan con lo que parece ser un asesinato. Okabe huye espantado mientras avisa a Daru del crimen cuando, de repente, Okabe cambia el pasado evitando el asesinato. ¿Cómo lo ha hecho? ¿Qué consecuencias tendrá este cambio?

En el mundo de Gamindustri, cuatro diosas que compiten entre sí gobiernan las tierras de Lastation, Leanbox, Lowee y Planeptune. Cuando las fuerzas oscuras amenacen su poder, tendrán que aprender a trabajar juntas si quieren derrotar al mal.