La trama se centra en la clase 3-E de la secundaria Kunugigaoka, que tiene por objetivo matar a su profesor: "Koro-sensei", un ser con tentáculos que destruye parcialmente la Luna dejando una permanente Luna creciente y amenaza con destruir la Tierra en el plazo de un año, a menos que uno de sus alumnos lo asesine antes de la graduación. Para motivar a la clase a acabar con Koro-sensei, el gobierno promete dar como recompensa 10 mil millones de yenes a quien lo consiga.

La trama se centra en la clase 3-E de la secundaria Kunugigaoka, que tiene por objetivo matar a su profesor: "Koro-sensei", un ser con tentáculos que destruye parcialmente la Luna dejando una permanente Luna creciente y amenaza con destruir la Tierra en el plazo de un año, a menos que uno de sus alumnos lo asesine antes de la graduación. Para motivar a la clase a acabar con Koro-sensei, el gobierno promete dar como recompensa 10 mil millones de yenes a quien lo consiga.

En un universo paralelo situado en un mundo de juego de rol, los estudiantes de la Academia Kunugigaoka son héroes en entrenamiento mientras que los estudiantes de clase 3-E son aquellos que poseen bugs —errores informáticos—, siendo considerados más débiles que los otros héroes. La clase 3-E tiene como tarea derrotar a su profesor, Koro-sensei, un Rey Demonio que intencionalmente les entrena para que algún día puedan ser capaces de derrotarlo.

Año 1333, el shogunato de Kamakura se desmorona. Ashikaga Takauji, uno de los vasallos de confianza del shogunato, lo traiciona y organiza una rebelión. Hojo Tokiyuki, heredero legítimo, logra huir de la masacre junto a un sacerdote sintoista llamado Suwa Yorisige y llega hasta Kamakura. Tokiyuki, convertido en fugitivo para poder seguir con vida, pone en marcha un plan para recuperar lo que le corresponde por derecho.