Un famoso creador de manga se ve envuelto en sucesos paranormales mientras realiza su investigación: el usuario de Stand Kishibe Rohan visita Italia, se arruina y más.

La historia gira en torno a Nora Handa, un estudiante de secundaria cuya madre adopta a una chica menor que él llamada Shachi Yuuri. Shachi perdió a su madre y ya no vive con su padre, aunque a ambos los criaron bien. Por otro lado, Michi Kuroki es la amiga de la infancia, estudiante de honor y jefa del comité de moral pública del instituto de Nora. Michi también es amiga de Yuuki Asuhara, que actúa como una kogal pero es una chica confiable. Un día, mientras Nora va de camino al instituto, se encuentra con una chica llamada Patricia en un parque. Patricia dice ser la princesa del inframundo y ha venido a la superficie a destruir cualquier tipo de vida. Sin embargo, la primera vez que toca a alguien de la superficie se desmaya, y Nora termina cuidando de ella. Patricia le pide que le cuente los secretos de la vida, y el chico empieza hablándole sobre una revista para adultos que encontraron en el parque.

Escapar es imposible hasta terminar el juego; un game over significaría una verdadera "muerte". Sin saber la "verdad" de la siguiente generación del Multijugador Masivo Online, 'Sword Art Online(SAO)', con 10 mil usuarios unidos juntos abriendo las cortinas para esta cruel batalla a muerte. Participando solo en SAO, el protagonista Kirito ha aceptado inmediatamente la "verdad" de este MMO. Y, en el mundo del juego, un gigante castillo flotante llamado 'Aincrad', Kirito se distinguió a si mismo como un jugador solitario. Apuntando a terminar el juego al alcanzar la planta mas alta el solo continua avanzando arriesgadamente hasta que recibe una invitación a la fuerza de una guerrera y esgrimista experta, Asuna, con la cual tendrá que hacer equipo.

La trama se desarrolla en torno a la historia del linaje Joestar, una poderosa familia de origen británico destinada a combatir fuerzas sobrenaturales malvadas usando poderes adquiridos; la obra abarca varias generaciones de dicho linaje, las cuales son adaptadas en cada parte poniendo un descendiente como protagonista, empezando con Jonathan en el año 1880. El nombre «JoJo», presente en el título de la obra, consiste en un juego de palabras compuesto por el nombre de los protagonistas de cada parte, los cuales pueden abreviarse como «Jojo» y usarse a forma de apodo; sin embargo, en las últimas partes de la obra se hacen juegos de palabras más complejos: por ejemplo, Josuke es un juego de palabras en japonés en que la sílaba «suke» (助) se puede leer también como «jo», y el diminutivo de Giorno Giovana (Gio. Gio.) tiene una pronunciación bastante similar a «Jojo». Todos los Joestar se identifican porque tienen una marca de nacimiento en forma de estrella de cinco puntas.

Natsuo es un chico de preparatoria que está perdidamente enamorado de su alegre y popular maestra llamada Hina. Sin embargo, un día en una reunión conoce a una chica malhumorada llamada Rui y termina durmiendo con ella. Poco después, el padre de Natsuo le dice que se casará de nuevo con una mujer que tiene 2 hijas, para sorpresa de Natsuo las hijas resultan ser Hina y Rui.

Akatsuki fue una vez un distrito adjunto a la ciudad de Tokio pero, tras una insurgencia, se independizó. Considerada de mala fama desde estos hechos, Akatsuki cuenta, sin embargo, con tres organizaciones encargadas de mantener el orden: Helios, Artemis y la Dirección de Seguridad Pública. Los tres emplean a Scards, agentes que son invulnerables a las balas y las armas blancas.