En un pequeño poblado de la costa de Nueva Zelanda, los aborígenes de la tribu Whangara creen que proceden de un único ancestro, cuya existencia se remonta mil años atrás. Su nombre es Paikea, y escapó de la muerte, tras volcar su canoa, montando a lomos de una ballena. Según la tradición, el jefe de los Whangara, el “Whale Rider”, el Paikea, tiene que ser un primogénito varón. Pero Pai, una niña de once años, cree que está destinada a ser la máxima autoridad de la tribu. Por ello, aunque adora a su abuelo Koro, se enfrentará con él y con mil años de tradición.

Las máquinas avanzan imparables hacia Zion en su afán por destruir a toda la humanidad y todas las naves se preparan para la dura batalla. Neo junto con Morfeo y Trinity buscan el camino del elegido dentro de Matrix para vencer a las máquinas y se encuentran con dificultades inesperadas: el agente Smith ha vuelto y no sólo eso, otros programas dentro de Matrix intentarán acabar con su misión. Mientras tanto Neo se tendrá que adaptar a la vida real y a la fama de ser el elegido.