Ulrich, Jeremy, Aelita, Odd Yumi siguen su rutina diaria de como alumnos de Kadic. Pero XANA, la Inteligencia Artificial que fueron capaces de destruir en sus anteriores aventuras, reaparece. ¿Cómo ha sobrevivido esta monstruosidad? Nuestros héroes reactivar el superordenador para volver a Lyoko, descubrir las razones de este resurgimiento y luchar de nuevo el mal que amenaza al mundo virtual.

En una academia de Boulogne-Billancourt (Francia) llamada Kadic, un alumno muy inteligente (superdotado), Jeremie Belpois, quiere adquirir materiales para la construcción de unos robots. Para conseguirlos, se dirige hacia una fábrica abandonada muy próxima a su academia donde encuentra un superordenador cuántico que pone en marcha. Al encender este superordenador, descubre un mundo virtual llamado Lyoko dividido en cuatro sectores (hielo, desierto, bosque y montañas), así como también la existencia de un virus informático malvado llamado XANA, y de una chica de su edad que se encuentra “virtualizada” llamada Aelita. Este hallazgo es comunicado a Ulrich Stern, Odd Della Robbia y Yumi Ishiyama, alumnos de la academia, que lucharán contra XANA.

Ulrich, Jeremy, Aelita, Odd Yumi siguen su rutina diaria de como alumnos de Kadic. Pero XANA, la Inteligencia Artificial que fueron capaces de destruir en sus anteriores aventuras, reaparece. ¿Cómo ha sobrevivido esta monstruosidad? Nuestros héroes reactivar el superordenador para volver a Lyoko, descubrir las razones de este resurgimiento y luchar de nuevo el mal que amenaza al mundo virtual.