Takaharu y compañía se encuentran viajando en un tren hacia un parque temático ninja cuando cosas extrañas comienzan a suceder. Cada una tiene su propio sueño donde son salvados por personas que nunca antes han visto, cuando se revela que se tratan de los Tokkyugers la aventura comienza para detener los planes de un enemigo fanático de los ninjas legendarios, pero con ideas malévolas. Un doble lleno de oscuridad será creado pero el real sufrirá para volver a tener sus poderes y allí evitar ser borrado.

Ishimori Uka es muy tímida y le cuesta mucho hacer amigos. Cuando era estudiante de secundaria, los estudiantes se burlaban de ella llamándola «piedra». Alrededor de ese tiempo, conoció a Miura Kai con cabello color limón. Gracias a él, ella ingresó a la misma escuela secundaria. Uka ahora quiere superar su timidez y tener amigos. Kai es un estudiante popular en la escuela, pero no habla mucho ni parece interesado en los demás. No sabe por qué, pero se preocupa por Uka. Uka ha admirado a Kai, pero ahora siente algo por él. Kai tiene un secreto que nadie conoce.

Los Zyuohgers tratan de detener a Cube Condor a través del Rey Zyuoh. Sin embargo, la formación se rompe. El Rey Zyuoh es derrotado, causando que el Águila Zyuoh / Yamato se separe mientras que los otros Zyuohgers son capturados por Domidol.Misao encuentra un Yamato inconsciente mientras estaba pescando, y este último cuenta lo que sucedió antes: después de descubrir que varios Zyuman trabajaban para un circo, Yamato lleva a los Zyuohgers al circo pero el espectáculo es interrumpido por su cabecilla Domidol, quien secuestra a los niños espectadores en su "nave espacial/carpa de circo" para destruir la Tierra con la esperanza de crear un trapecio espacial gigante.

Yamato y compañía se disponen a pasar la tarde en un día de campo al lado del arroyo cuando son sorprendidos por unos ninjas muy particulares. Ellos son los Ninningers quienes han llegado allí para acabar con los llamados Zyuohger ya que han oído que éstos últimos estuvieron causando grandes atrocidades últimamente. Sin mediar discusiones se da la batalla entre ambas facciones, pero todo dependerá de un pequeño joven que traerá un mensaje desde el futuro para lo que vendrá luego con los nuevos héroes.

La lucha contra Genis y los Deathgalien ha terminado con la fusión entre el Mundo Humano y el Mundo de los Zyuman. Cada uno de los Zyuohgers sigue con su vida normalmente en éste nuevo mundo cuando son invitados a un torneo para encontrar al Campeón de la Tierra. Todo parece normal, pero cuando Bud aparezca para investigar, las cosas comenzarán a salirse de control.