La historia continúa con los propios conflictos de los estudiantes, la identidad de Koro Sensei y el destino del mundo. Se aproxima el límite de tiempo para el asesinato.

La premisa es sencilla, un alienígena con forma de smiley llega a la Tierra y promete destruirla dentro de un año. Mientras tanto dará clase a un grupo marginal en una escuela y les adiestrará en tecnicas de asesinato para que puedan acabar con él antes de que se cumpla el plazo.