Nacido de las llamas del infierno hace sesenta años durante la Segunda Guerra Mundial, Hellboy (Ron Perlman) fue enviado a la Tierra por el loco diabólico Grigori Rasputín (Karel Roden) para hacer el mal. Destinado a ser un presagio del Apocalipsis, Hellboy fue rescatado por las Fuerzas Aliadas lideradas por el profesor Broom (John Hurt), fundador del clandestino I.I.P.D. (Instituto para la Investigación Paranormal y de Defensa), que lo crió como un hijo y desarrolló sus extraordinarios poderes paranormales. A pesar de sus oscuros orígenes, Hellboy se convierte en un extraño héroe del bien, que lucha contra las fuerzas del mal que amenazan nuestro mundo.

Cuatro jóvenes estudiantes, dos chicas y dos chicos, desaparecen de un exclusivo internado británico. Dos semanas más tarde aparece una de las chicas, Liz, pero está tan traumatizada que no lo logra distinguir lo real de lo imaginario. Lo único que recuerda es que para librarse de una excursión, se encerró con sus compañeros en un bunker subterráneo. Junto con la doctora Horwood, psicóloga de la policía, intentará descubrir qué pasó en el bunker, y qué ha sido de sus amigos.