Alphas sigue a un equipo de ciudadanos comunes y corrientes cuyo cerebro sufren anomalías que les dan extraordinarias capacidades físicas y mentales. Tomando la justicia por sus propias manos, el equipo, dirigido por el Dr. Lee Rosen (David Strathairn) investiga los casos que sugieren la actividad de otros alphas, y descubrir lo que la CIA, el FBI y el Pentágono no han podido o querido resolver. Estos individuos talentosos deben equilibrar sus personalidades extravagantes y orígenes dispares con sus poderes no siempre visibles a medida que trabajan para resolver crímenes, detener bombas de tiempo y atrapar al enemigo.

Un avión Boeing 767 llega al aeropuerto neoyorquino JFK y, tras tomar tierra, para en seco en mitad de la pista de aterrizaje. No hay luces y los canales de comunicación no funcionan, es como si no hubiese vida dentro del avión. Al principio todo parece que es a causa de un virus mortal e incluso un atentado terrorista, pero pronto se descubre que es por algo mucho más aterrador. Todos los pasajeros afectados están sedientos y lo único que quieren consumir es sangre. El contagio avanza de forma vertiginosa y en pocos días todo Manhattan está infectado. Los antiguos vampiros han vuelto con un amenazador propósito, quieren hacerse con el control del mundo.