Era de la humanidad, diez años después de la guerra entre la tierra y los minbari. El proyecto Babylon era un sueño al que se le había dado forma. su objetivo: evitar otra guerra creando un lugar donde humanos y alienígenas pudieran solucionar sus diferencias pacíficamente. Es un punto de encuentro, un hogar lejos de casa para diplomáticos, estafadores, empresarios y vagabundos: humanos y alienígenas envueltos en dos millones y medio de toneladas de metal, solos en la oscuridad. Puede ser un lugar peligroso, pero es nuestra última esperanza de paz. Esta es la historia de la última de las estaciones Babylon. El año es 2258. El nombre del lugar es Babylon 5.

Investigando la teoría de que viajar en el tiempo es posible, el doctor Sam Beckett, un científico convencido de tal posibilidad, un día desaparece tras introducirse en un acelerador de partículas cuántico. Cuando vuelve a aparecer, lo hace en el pasado, pero al mirarse en el espejo no reconoce su rostro y se ve aquejado de una extraña forma de amnesia. A partir de entonces no tiene más remedio que vivir vidas que no son la suya, saltando de una existencia a otra e intentando mejorar el futuro desde el pasado, mientras trata de encontrar la forma de volver a casa.