El cumpleaños de Yui se acerca y un nuevo misterio aparece cuando Shinji les cuenta de una extraña vivencia que tuvo en su infancia con una niña que de la nada desapareció de su mirada. La Guerra Rider está por finalizar con pocos miembros restantes y mucha rivalidad entre ellos. Kanzaki Shiro desea apresurar las cosas y un nuevo contrincante hará su aparición en un final de la gran Guerra que dejará más de un caído. *Reinvención del final de la serie, por ello puede verse al terminar el show.

En el film anterior, se había conseguido derrotar a un nuevo Godzilla gracias a un gigantesco robot muy similar al monstruo: el Mechagodzilla o Kiryu, que ahora está en proceso de reparación. Mientras tanto, las diminutas gemelas de la Isla Infante (hogar de Mothra) proporcionan al doctor Chujo una información de vital importancia: Kiryu ha sido construido con los huesos del Godzilla original, y el espíritu del monstruo no descansará hasta que sus restos regresen al mar. Chujo se pone en contacto con el Gobierno para que destruyan el proyecto Kiryu, porque Mothra, en cuanto reaparezca Godzilla, defenderá de nuevo el Japón, pero ministros y militares desoyen la advertencia. Y el gigante verde vuelve a aparecer en Tokio, desatando una oleada de destrucción. Pronto tendrá lugar el enfrentamiento entre Godzilla y Mothra, que cuenta con la ayuda del robot gigante, aunque no está totalmente reparado.

Para proteger el país del monstruo Godzilla, el gobierno japonés crea un robot gigante pilotado por seres humanos: Mekagodzilla, un símil del propio monstruo. Para ello utilizan el esqueleto del Godzilla original, que atacó por primera vez en 1954.

Shouichi se encuentra con una adolescente llamada Sayaka , que huyó de una instalación militar debido a un ataque de los Ant Lords, que tiene una habilidad sobrenatural para prever el futuro. Risa Fukami , del grupo militar GA, quiere usar ese poder para mejorar el Sistema G4 recién creado, que se basó en diseños robados de Ozawa .Ahora, Agito y Gills deben luchar para detener el ataque de Ant Lords, mientras G3 y G4 establecen su puntuación.

Shouichi se encuentra con su viejo amigo y maestro y pelea un desconocido en la noche y llega a Burning Form, pero está fuera de control. A continuación, el profesor le ayuda a controlarla. Los tres Riders luchan contra el Beetle Lord. La historia se terminó con una misteriosa chica acechando el proyecto G4 y que continuó en la película. Hay una diferencia en cuanto al argumento de la serie y el argumento de la especial. En el especial, Toru Hōjō descubre la verdad acerca de la identidad en secreto Shouichi de escuchar una conversación entre él y su maestro, como él está detrás de una ventana y escucha. En la serie, sin embargo, Hōjō embosca a Agito que huye de la escena de la batalla y ve como se vuelve a Shouichi, finalmente a arrestarlo. · entre los episodios 35 y 36