La historia de Gintama nos sitúa en un Japón sometido por unas criaturas alienígenas conocidas como Amantos. Gracias a estos el país goza de avances tecnológicos desmedidos, pero a la vez la especie humana ha sido desprendida de la autoridad de velar sobre su propio planeta. Para evitar revuelas bélicas se ha prohibido por completo el uso y porte de espadas en cualquier circunstancia por parte de los terrícolas,pero aun así en esta nueva era hay personas que se mantienen fieles a sus creencias y convicciones antañas como es el caso del protagonista, Gintoki. Gin, junto con otros dos igualmente estrambóticos personajes crean una tienda conocida como la Yorozuya, en donde se dedican a realizar cualquier tipo de trabajo que se les presente, pero al final rara vez logran obtener algo de dinero decente y tienen problemas incluso para pagar el alquiler del piso.

Han pasado casi dos siglos desde que la humanidad empezó a dejar su planeta natal, para establecerse en Colonias Espaciales. La construcción de las primeras Colonias se llevó a cabo con grandes esfuerzos y sacrificios de los pioneros terrícolas. Una importante razón de este éxito estaba basada en los Mobile Suits (Trajes Móviles), esencialmente armaduras individuales humanoides, que permitían a los humanos operar en el espacio. GW23 Sin embargo, las cosas habrían de cambiar. En el año 175 A.C., un importante líder pacifista, Heero Yuy, es asesinado por un francotirador durante unas conferencias en las Colonias. Muchos atribuyeron el asesinato a la organización OZ (Organización del Zodíaco). Dicha organización se ha enmascarado como la fuerza élite de la Alianza Unida de la Esfera Terrestre, haciéndose llamar el grupo de los Specials. El propósito de esta organización era forzar un alto nivel de desconfianza en las Colonias que permitiera su fácil ocupación por los miembros de la aristocracia que esperaban extender su sistema de clases sociales al espacio exterior. La ocupación militar se produjo posteriormente cuando el brazo armado de la Alianza Unida de la Esfera Terrestre tomo el control de varias Colonias. Sin embargo los movimientos de resistencia y los enfrentamientos que terminaron con masacres de Colonias completas determinaron que OZ se quedara en la Tierra, soportando al brazo público de los aristócratas llamado la Fundación Romefeller. Mientras, sin un líder fuerte como había sido Heero Yuy, las Colonias se estaban desintegrando y las diferencias políticas entre ellas se acentuaban. 5 científicos que habían trabajado en un proyecto ultrasecreto para crear el Mobile Suit de combate definitivo, llamado Wing, decidieron esconderse de las fuerzas de la Alianza Unida de la Esfera Terrestre. Tras construir el primer MS (Mobile Suit) de combate para OZ, llamado OZ-00MS Tallgeese, cada uno de ellos se llevó consigo una copia de los planos originales del proyecto Wing. Ellos no volvieron a verse en mucho tiempo, y cada uno por separado empezó a hacer realidad su sueño de construir el mobile suit de combate definitivo. Aún estando separados, empezaron a trabajar alentados y auspiciados por la Fundación Barton, una organización en las Colonias cuyo objetivo era el opuesto al de la Fundación Romefeller, es decir: la ocupación militar de la Tierra para propagar las ideologías de la humanidad del espacio.

La historia de Gundam Build Metaverse se desarrolla un metaverso donde los usuarios pueden usar avatares para moverse e interactuar con otros usuarios, lo cual incluye librar batallas de Gunpla entre ellos. Rio Hōjō, es un niño que vive en Hawái y que aprende a construir Gunpla de una aficionada al hobby llamada Seria Urutsuki. En el metaverso, una figura conocida como Mask Lady le enseña el arte de la lucha entre Gunpla, y él se esfuerza por mejorar cada día. Con su Lah Gundam personalizado, busca oponentes cada vez más fuertes. (Rio personaliza un modelo de Gundam RX-78-2 con la imagen del «espíritu de Japón», siendo Lah la palabra nativa hawaiana para «sol»).

Haruto Tokishima, un estudiante de Sakimori High School que vive en el "Módulo 77" de la esfera, descubre un misterioso y poderoso mecha llamado Valvrave y lo usa para defender el módulo de una invasión dorssiana que se apodera del resto de JIOR. . Una vez que se enteran de que tanto Dorssia como ARUS tienen la intención de reclamar Valvrave para sí mismos, sin preocuparse por sus vidas, los estudiantes de Sakimori High declaran el Módulo 77 como un estado independiente y abandonan el territorio JIOR. Poco después, se encuentran varios Valvraves dentro de la escuela y algunos de ellos son reclamados por otros estudiantes que se unen a la lucha de Haruto para protegerla. Una vez que L-elf Karlstein, un espía dorssiano que afirma tener la intención de algún día organizar una revolución en su propio país, se acerca a Haruto, ambos unen fuerzas en una alianza poco probable para asegurar la soberanía de su nueva nación declarada y reconocida oficialmente como JIOR nuevo.

En el año 70 de la era cósmica, la colonia espacial de Junius 7 es destruida por un ataque nuclear. Es así como empieza la guerra entre ZAFT (Zodiac Alliance for Fredom Treaty) un ejercito compuesto por los habitantes de las colonias, conocidos como coordinadores, humanos mejorados genéticamente, siendo más fuertes e inteligentes; y la alianza terrestre. Un año después los naturales, humanos sin modificaciones genéticas, inician la creación de Mobile Suits capaces de vencer a los Mobiles Suits de ZAFT, sin embargo son descubiertos. Kira un joven coordinador que vive en una colonia espacial de la nación neutral de ORB, vive la invasión y destrucción de su hogar por parte de ZAFT y descubriendo que su mejor amigo de la infancia, Athrun, se convirtió en un soldado de ZAFT. Kira decide proteger a sus amigos piloteando el Gundam, sin embargo eso significaría una cosa: tendrá que pelear contra los coordinadores, entre los cuales se encuentra Athrun.

En el año Universal Century 0096, tres años después del intento fallido de Char Aznable de forzar la migración humana al espacio, la vida continúa en las colonias que orbitan la Tierra. Una de esas colonias, en el lado 4, es el hogar de Banagher Links, un joven de 16 años que vive una vida tranquila entre sus compañeros de clase. Audrey Burne, la última descendiente de una gran familia tiránica, se encarga de robar la llave de un misterioso dispositivo conocido como "Laplace's Box". Se dice que la Caja tiene el poder de dar forma al curso del universo, y Audrey viaja al Lado 4 en un intento de quitarlo de su soporte actual y mantenerlo alejado de las Mangas, el remanente sobreviviente del Neo-Zeon de Char Aznable. En su búsqueda, se encuentra con Banagher y cambia su vida para siempre.