Después de ser dado de baja involuntariamente de las Fuerzas Especiales de EE. UU., James Harper decide apoyar a su familia uniéndose a una organización de contratación privada junto a su mejor amigo y bajo el mando de un compañero veterano. En el extranjero en una misión encubierta, Harper debe evadir a quienes intentan matarlo mientras regresa a casa.

Snake Eyes es un solitario y tenaz guerrero que se une a al antiguo clan japonés de los Arashikage luego de salvarle la vida al heredero del clan. Al llegar a Japón, los Arashikage le enseñan a Snake Eyes los caminos del guerrero ninja y le dan algo que siempre quiso tener: un hogar. Pero, al revelarse los secretos sobre su pasado, pondrán a prueba el honor y la lealtad de Snake Eyes, incluso si eso significa perder la confianza de los más cercanos a él.

Sin sus poderes, por primera vez, Lobezno es verdaderamente vulnerable. Después de una vida de dolor y angustia, sin rumbo y perdido en el mundo donde los X-Men son leyenda, su mentor Charles Xavier lo convence de asumir una última misión: proteger a una joven que será la única esperanza para la raza mutante.