El Departamento de Policía de Massachussets se enfrenta a la mayor banda de crimen organizado de la ciudad de Boston. La estrategia consiste en acabar desde dentro con Frank Costello, el poderoso jefe de la mafia irlandesa. El encargado de infiltrarse en la banda es un joven novato, Billy Costigan. Mientras Billy intenta ganarse la confianza de Costello, otro joven policía, Colin Sullivan, sube rápidamente de categoría y ocupa un puesto en la unidad de Investigaciones Especiales, grupo de élite cuya misión también es acabar con Costello. Lo que nadie sabe es que Colin es un topo infiltrado en la policía por el propio Costello.

Verano de 1954. Los agentes judiciales Teddy Daniels y Chuck Aule son destinados a una remota isla del puerto de Boston para investigar la desaparición de una peligrosa asesina recluida en el hospital psiquiátrico Ashecliffe, un centro penitenciario para criminales perturbados dirigido por el siniestro doctor John Cawley. Pronto descubrirán que el centro guarda muchos secretos, y que la isla esconde algo más peligroso que los pacientes.

Thomas Craven es un veterano detective de homicidios del departamento de policía de Boston y padre viudo. Cuando su única hija, Emma de 24 años, es asesinada en las escaleras de su casa, todo el mundo supone que él era el objetivo. Pero pronto sospecha lo contrario y se embarca en la misión de averiguar la vida secreta de su hija y el por qué de su asesinato. Su investigación le lleva a un peligroso mundo de encubrimientos corporativos, lleno de engaños, connivencia gubernamental y crímenes. Ahí conocerá a un misterioso agente del gobierno, Darius Jedburgh, que ha sido enviado para eliminar las pruebas del asesinato. La solitaria búsqueda de Craven de respuestas sobre la muerte de su hija se convierte en una odisea de descubrimiento emocional y redención.