En el año 2005, un virus informático llamado "el Beso de Plutón" hizo caer completamente la red de internet mundial. En el 2007, después de la restauración de la red, se creó y se puso a la venta un juego online (MMORPG) llamado "El Mundo". El anime se centra principalmente en Tsukasa, quien obtiene un poder que daña al jugador en la vida real. De repente se despierta para encontrarse en "El Mundo", siendo capaz de sentir, oler, tocar, ver y oír todo tal y como si él estuviera realmente allí. Intenta desconectar pero falla en ello. Siendo incapaz de recordar qué paso antes de despertar, vaga alrededor sin rumbo para encontrar respuestas. Mientras hace esto, los moderadores del sistema, los Caballeros Escarlata, sospechan que ha estado trabajando con hackers a causa del retorcido personaje con quien se encuentra. Tsukasa encuentra un objeto mágico que concede el poder de usar este temido "Guardián" que le protegerá de todo daño.

La historia gira en torno de Kyouhei, un estudiante de universidad que creció en una remota villa que adora a una especie de robots, de nombre kukuri, como si fueran dioses. Kyouhei toma la decisión lógica de todo habitante de pueblos como Silent Hill o Hinamizawa, se muda lejos, concretamente a Tokyo y se olvida de su vida anterior. Sin embargo, se encuentra con su hermana menor Utao y su kukuri en Tokyo. Ella está ahí para avisarle sobre un fugitivo de nombre Aki y quien junto a su propio kukuri, es el culpable de un horripilante crimen que Kyouhei acaba de presenciar. Evidentemente, se da cuenta que no puede escapar de las tradiciones de su villa.