Hace años, la humanidad casi fueron eliminados por los enormes insectos blindados mágicos que se habían vuelto demasiado fuerte y agresivo de manejar. Debido a estos insectos gigantes, los seres humanos no viven en la tierra más, pero en las ciudades flotantes en su lugar. Sin embargo, esto no quiere decir que todo está perdido, porque los magos de prestigiosas academias asistente flotantes están luchando contra estos monstruos. Kanata La edad es un joven ahora etiquetado como un traidor a pesar de que una vez fue alabado como el "Maestro Espadachín Negro". Él tiene la oportunidad de reparar su reputación dando instrucciones al equipo E601, que parece que se está enfrentando algunas dificultades. Se compone de tres niñas, Misora Whitale, Lecty Eisenach, y Rico Flamel, cada uno con sus propios problemas. Parece que Kanata se pondrá en aguas profundas más de una vez, porque de ellos ...

Chika Homura comienza su carrera en la preparatoria con un objetivo: desarrollar una personalidad "linda chica". Después de dejar el equipo de voleibol a pesar de su estatus de estrellas, Chika decide unirse subestimado Instrumento de viento del club de su escuela y tocar la flauta, creyendo que es el instrumento más delicada y femenina. Por primera vez en nueve años, Chika reúne con su amigo de la infancia y el total opuesto, Haruta Kamijou. Por desgracia para Chika, Haruta no se deja engañar por sus esfuerzos para ser más entrañable. Pero esto no impide que Chika, y ella se enamora de la instructor de la banda, Shinjirou Kusakabe, pero también lo hace Haruta! Sin embargo, la vida de la escuela secundaria de Chika no se le va de acuerdo al plan, como misterios comienzan a aparecer a ella ya sus amigos a su alrededor. Los miembros del club deben trabajar juntos para resolver los misterios que plagan la escuela, a la vez tratando de encontrar más miembros para competir en competiciones musicales.

Secuela en formato serie de los eventos posteriores a la película "KanColle: The Movie", dentro de la serie "Kantai Collection: KanColle".

Fudou Nomura es un estudiante que fue exiliado de su vieja escuela por una pelea violenta. Fudou desea vivir una vida libre, pero a la nueva escuela a la cual fue transferido es la Academia Privada de Simbiosis Aichi, un lugar donde las chicas disciplinan a los chicos con armas para corregirlos. Un grupo de cinco vigilantes llamado "Cinco Espadas Supremas" lideradas por Rin Onigawara, apunta con su espada a Nomura para conceder a las reglas o salir de la escuela. En este punto, Nomura desafía a las Cinco Espadas Supremas por su propio derecho y probar su verdadera moralidad a pesar de la fuerza bruta.