El señor Namiya responde a la gente que le escribe pidiendo consejo en su pequeña tienda. Muchos años después, los consejos y sus consecuencias siguen cambiando vidas y una noche, tres chicos y las cartas entran en un mundo atemporal.

Dos sacerdotes jesuitas, Sebastião Rodrigues y Francisco Garupe, viajan al Japón del siglo XVII que, bajo el shogunato Tokugawa, prohibió el catolicismo y casi todos los contactos extranjeros. Allí son testigos de la persecución de los cristianos japoneses a manos de su propio gobierno, que desea purgar Japón de toda influencia occidental. Eventualmente los sacerdotes se separan y Rodrigues viaja por el campo, preguntándose por qué Dios permanece en silencio mientras sus hijos sufren.