La acción se desarrolla en una realidad alternativa, donde desde principios de los 80 se han fabricado robots enormes en Japón, que han recibido el nombre genérico de "Labors" por estar dedicados a trabajos civiles como la construcción. La proliferación de estos robots condujo a la necesidad de crear unidades de policía especializadas en ellos y Labors que pudieran ser utilizados para controlar a los otros, los "Patlabors". La historia comienza en 1998, centrándose en la Segunda División de Vehículos Especiales de la Policía de Tokio.

Talpa, el señor demonio del Netherworld, está empeñado en conquistar el mundo mortal. Junto con sus cuatro señores oscuros de la guerra son los cinco samurais, cada uno en posesión de armas y armaduras místicas. Son asistidos por Mia Koji, un joven estudiante-profesor, y un misterioso monje-guerrero conocido sólo como El Anciano en el doblaje hispanoamericano y como Ariel en el doblaje de España.